在办理道路运输非法营运行政处罚案件中，违法所得并非必须进行核算，但这取决于具体的法律法规以及案件的实际情况。

首先，从法律法规的角度来看，不同的地区或国家可能有不同的规定。在某些情况下，法律可能明确规定需要对违法所得进行核算，并将其作为处罚的依据之一。然而，在其他情况下，法律可能并未明确要求对违法所得进行核算，而是根据违法行为的性质、情节以及社会危害程度等因素来决定处罚的轻重。

以您提供的案例为例，在第一个案例中，并未明确提及对梁某某的违法所得进行了核算，而是直接对其处以了罚款一万元的行政处罚。这表明在该案例中，违法所得可能并非决定处罚轻重的关键因素。而在第二个案例中，虽然提到了“有违法所得的，没收违法所得”，但并未明确说明在处罚前必须对违法所得进行核算。实际上，该案例中的处罚是基于王某未取得道路运输客运经营许可、驾驶非营运车辆拉载乘客并收取费用的违法行为事实清楚而作出的。

其次，从案件实际情况的角度来看，是否需要对违法所得进行核算也可能因案而异。在一些简单的非法营运案件中，如果违法所得数额较小或者容易确定，那么执法部门可能会选择对其进行核算并作为处罚的依据之一。然而，在复杂的案件中，如果违法所得难以准确核算或者数额巨大，那么执法部门可能会选择其他因素来决定处罚的轻重，如违法行为的性质、情节以及社会危害程度等。

综上所述，在办理道路运输非法营运行政处罚案件中，是否需要对违法所得进行核算取决于具体的法律法规以及案件的实际情况。执法部门应根据相关法律法规的规定和案件的具体情况来决定是否需要核算违法所得，并据此作出公正、合理的处罚决定。