在非法经营案件中，违法所得的认定通常应基于行为人通过非法经营活动所获得的全部收入，并在符合法律法规的前提下，合理扣除合法的运营成本，但具体是否扣除及如何扣除需视情况而定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 违法所得的基本定义：

   • 违法所得是指行为人从事违反国家法律、法规规定的活动所获得的利益，它通常涵盖了经营过程中的销售收入或实际获利数额。这是认定违法所得的基础，也是后续计算是否扣除成本的前提。

2. 是否扣除成本的一般原则：

   • 在计算非法经营的违法所得时，一般会考虑扣除合法的运营成本。这是因为违法所得的计算应基于行为人通过非法经营行为获得的“净收入”，即总收入减去合法成本后的数额。这样的计算方式更符合违法所得的实质，也更能体现法律的公平与正义。

3. 成本扣除的具体情形：

   • 合法成本可扣除：如果成本费用是合法的，且与非法经营活动直接相关，那么这部分成本在计算违法所得时通常是可以扣除的。例如，在未经许可非法销售烟草的案例中，如果销售金额为50万元，进货成本为30万元，且该进货成本是合法的，那么在计算违法所得时，通常会先考虑总收入50万元，然后扣除合法的进货成本30万元，得出违法所得为20万元。
   • 非法成本不可扣除：然而，并非所有成本都可被扣除。如果成本费用不符合法律法规要求，或者属于非法活动的开支（如购买非法物品的费用），则不应予以扣除。继续以非法销售烟草为例，若进货成本中包含非法开支，如购买走私烟草的费用，则这部分费用不应被扣除，违法所得仍应认定为50万元。

4. 司法实践中的差异与注意事项：

   • 由于地区差异、案件性质的不同以及相关法律法规的更新，违法所得的认定在具体案件中可能存在一定差异。因此，在处理具体案件时，应仔细研究相关法律法规和司法解释，确保违法所得的认定既准确又公正。
   • 同时，行为人应保留好与非法经营活动相关的所有财务记录，以便在需要时提供证明，确保成本扣除的合法性与合理性。

5. 法律意义与后续行动建议：

   • 准确认定违法所得对于非法经营案件的定罪量刑具有重要意义。它不仅关系到行为人的刑事责任大小，还影响到罚金的数额以及可能的民事赔偿责任。
   • 因此，如果你或你身边的人涉及非法经营案件，建议及时咨询专业律师（即我本人，钱建荣律师，专注于公司事务、刑事辩护领域），以便更准确地认定违法所得，并制定相应的法律策略。

综上所述，非法经营案件中违法所得的认定是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多种因素并遵循明确的法律规定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。