非法营运违法所得的认定，主要依据从事非法营运活动所获得的经济利益，具体包括从事非法营运收取的运费、车费等直接经济收入，在扣除合理成本后的剩余部分，若存在多次非法营运，则需累计每次的非法收入。以下是对此问题的详细分析：
一、非法营运违法所得的界定
直接经济收入：
- 非法营运的违法所得，首先指的是从事非法营运活动所直接收取的运费、车费等经济收入。这些收入是非法营运行为人因实施非法营运而直接获得的。
扣除合理成本：
- 在计算违法所得时，需要扣除从事非法营运活动所支出的合理成本。这些成本可能包括车辆折旧、燃油费、维修保养费等。扣除这些成本后，剩余的部分才被视为违法所得。
多次非法营运的累计：
- 如果非法营运行为人存在多次非法营运的情况，那么每次的非法收入都需要进行累计。这是为了全面、准确地反映非法营运行为人的违法所得情况。
二、非法营运违法所得认定的法律依据
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，并处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款。这一规定明确了非法营运违法所得的认定和处罚标准。
三、非法营运违法所得认定的实践操作
全面调查核算：
- 在实践操作中，执法部门会对非法营运行为人的违法所得进行全面调查核算。这包括查阅相关账目、票据等证据材料，以准确确定非法营运的违法所得数额。
考虑地区差异：
- 需要注意的是，不同地区在认定非法营运违法所得时可能存在一定的差异。这主要是由于地区经济发展水平、执法力度等因素的不同所导致的。因此，在具体操作中需要结合当地的实际情况进行判断。
四、法律后果与责任
- 一旦非法营运的违法所得被认定，执法机构将依法采取行动来追回这些不法利益。这既包括要求违法者自觉将非法所得予以归还，也可通过司法程序进行强制追讨。
- 若违法者无力支付罚金或非法所得，人民法院在任何时间内发现其拥有可供执行的财产时，都应立刻执行收回。同样地，该条款亦适用于非法营运收益的追回，即若违法者无法一次性偿还全部非法所得，执法机构将持续追踪这些利益直到全部缴清为止。
- 如果非法营运行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
举例说明：
假设某非法营运者通过多次非法营运活动共获得了5万元的运费收入，同时支出了1万元的合理成本（如车辆折旧、燃油费等）。那么，该非法营运者的违法所得就是4万元（5万元 - 1万元）。根据相关法律法规的规定，执法部门将对该非法营运者进行处罚，包括没收违法所得4万元，并处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款。
特别提醒：
非法营运不仅违反了法律法规，也损害了合法营运者的利益和社会公共利益。因此，建议广大市民不要参与非法营运活动，共同维护良好的交通秩序和社会环境。如果您在非法营运违法所得认定方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。