违法所得在行政处罚中的计算方式需根据具体违法情形、法律规定及执法实践综合判断，核心原则是“实际获取的与违法行为直接相关的收益”，具体计算方式分以下情形：

1. “收入-成本”模式（常见于经营类违法）
   若违法行为涉及商品销售、服务提供等经营行为，违法所得通常按“违法收入-合法成本”计算。例如：

   • 商家销售假冒商品，违法所得=假货销售额-进货成本（需证明成本合法性）；
     
   • 医疗机构超范围执业，违法所得=违规服务收入-直接支出（如药品、耗材成本）。
     注意：成本仅限与违法行为直接相关的必要支出，管理费用、税费等间接成本一般不扣除。
     

2. “全额收入”模式（常见于禁止性违法）
   若法律明确禁止某行为（如无证经营、非法排污），无论是否盈利，违法所得通常按“全部违法收入”计算。例如：

   • 未取得许可证擅自从事餐饮服务，违法所得=全部营业收入（即使未盈利）；
     
   • 非法占用土地建房，违法所得=土地收益（如租金、转让价款）。
     

3. “实际获利”模式（常见于欺诈类违法）
   若违法行为涉及虚构事实、隐瞒真相（如虚假宣传、诈骗），违法所得按“实际获取的非法利益”计算。例如：

   • 商家虚假宣传诱导消费，违法所得=消费者因欺诈多支付的款项；
     
   • 电信诈骗，违法所得=被害人实际转账金额。
     

4. 特殊情形处理

   • 证据不足时：若无法准确计算违法所得，行政机关可依据《行政处罚法》第56条，按“有利于当事人”原则估算（如按行业平均利润率推算）；
     
   • 共同违法时：违法所得按各参与人实际分得或应得份额计算，无法区分的则按总额共同承担；
     
   • 主动退赔时：部分法律（如《消费者权益保护法》）规定，主动退赔违法所得可减轻处罚，但退赔部分仍需先计入违法所得总额。
     

关键提醒：违法所得计算需严格依据具体领域的单行法（如《药品管理法》《环境保护法》），不同法律可能对同一行为规定不同计算方式。若对计算结果有异议，可在行政处罚听证、复议或诉讼中提出证据反驳。

如有具体案件或领域（如市场监管、税务、环保等），可进一步说明，我会结合案例详细分析。