非法运营被查到，交通运输部门会责令停止经营，并处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款。具体分析如下：

一. 罚款规定

• 根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

二. 执行流程

• 交通运输部门在查处非法运营时，会先进行调查取证，确认是否存在非法运营行为。
• 若存在非法运营行为，交通运输部门会责令停止经营，并根据违法所得情况计算罚款金额。
• 罚款通知会送达给非法运营者，要求其在规定时间内缴纳罚款。

三. 实际影响

• 非法运营不仅面临罚款，还可能被没收违法所得，甚至构成犯罪时会被追究刑事责任。
• 非法运营者应当认识到行为的违法性，及时停止非法运营行为，避免不必要的法律后果。

我建议非法运营者应当立即停止非法运营行为，并主动向交通运输部门配合调查，如实说明情况。如有进一步需要，您可以继续咨询我。