医院同工同酬在法律上是有依据且应当实现的，但实际执行中存在诸多困难和差异。
首先，从法律层面来看，《中华人民共和国劳动法》第四十六条规定了同工同酬的原则，即用人单位对于技术和劳动熟练程度相同的劳动者在从事同种工作时，应获得相同的劳动报酬。这一原则同样适用于医院等医疗机构，意味着医院应当对其编内和编外人员实行同工同酬。
然而，在实际操作中，医院同工同酬的实现面临诸多挑战：
编制管理差异：编制内人员通常享有财政补贴，而编制外人员则没有这部分收入。这导致在基本工资部分，编制内外人员就存在天然的差异。即使表面上看实发工资相近，但应发工资和五险一金的缴纳标准往往存在显著差异。
医院成本考量：医院作为运营实体，需要控制成本。编外人员通常被视为低成本劳动力，医院在薪酬分配上可能更倾向于压缩编外人员的薪资以降低成本。
制度惯性束缚：编制制度长期存在，与之相伴的福利差异也根深蒂固。改革这一制度需要突破固有利益格局，面临巨大阻力。
尽管存在上述困难，但国家层面已经出台多项政策试图推动医院同工同酬的实现。例如，国务院办公厅印发的《关于建立现代医院管理制度的指导意见》、国家卫健委的《公立医院章程范本》以及《三级医院评审标准》等，都明确提出了要统筹考虑编制内外人员薪酬待遇，坚持同岗同酬同待遇。
目前，已有部分地区和医院开始实践同工同酬。例如，陕西安康市推行公立医院编制备案管理，实现编内和非在编人员同等对待、同工同酬；鄂尔多斯市也将医务人员纳入“控制数管理”，实现与编内人员同工同酬。这些实践为其他地区提供了可借鉴的经验。
综上所述，医院同工同酬在法律上是有明确依据的，也是应当努力实现的目标。但实际执行中需要克服诸多困难，需要政府、医院和社会各界的共同努力来推动这一目标的实现。如果您在具体工作中遇到同工不同酬的问题，可以向我详细咨询，我将为您提供专业的法律建议和支持。