上班途中发生交通事故，双方协商低于标准赔偿的部分，工伤保险可以补足差额。但具体赔偿情况需根据实际情况进行详细分析。

首先，根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害的，应当认定为工伤。这意味着，如果你在上班途中发生交通事故，且责任不在你或你负次要责任，那么你有权获得工伤保险赔偿。

关于你提到的双方协商低于标准赔偿的部分，工伤保险是否可以赔偿，这主要取决于具体的赔偿项目和地区规定。一般来说，对于像医疗费用、康复费用等实际支出的费用，工伤保险和交通事故赔偿通常会遵循“损失填平”原则，即不会重复赔偿。如果交通事故赔偿已经覆盖了这些费用，工伤保险通常只会补足差额（如果有的话）。

然而，对于像误工费、伤残赔偿金等赔偿项目，不同地区、不同法院在处理上可能会有所不同。有的地区支持双重赔偿，即你可以从交通事故责任方和工伤保险处分别获得赔偿；有的地区则可能采取有限双赔或总额补差模式。

因此，具体到你的情况，你需要先了解你所在地区的具体规定和赔偿模式。如果交通事故赔偿已经覆盖了你的大部分损失，但仍有部分差额未得到赔偿，你可以向工伤保险机构提出申请，要求补足差额。同时，你也可以咨询当地的劳动部门或专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

总之，上班途中发生交通事故后，双方协商低于标准赔偿的部分，工伤保险在一定情况下是可以补足差额的。但具体赔偿情况需根据当地的法律规定和实际情况进行确定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。