当员工的提成工资超过保底工资时，工资的发放将遵循一系列明确的原则和步骤来确保公平、透明，并符合法律法规。以下是对这一过程的详细解释：

一、理解保底工资与提成工资的概念

1. 保底工资：这是用人单位承诺支付给员工的最低劳动报酬，无论员工的工作表现如何，只要他们提供了正常的劳动，就至少能获得这一数额的工资。

2. 提成工资：这是根据员工的工作成果，如销售额、工作量或其他绩效指标来计算的工资部分。提成工资通常按照既定的比例或单价来计算，因此员工的工作表现将直接影响这部分工资的数额。

二、工资发放的具体流程

1. 核算实际工资：

   • 首先，根据员工的工作成果和绩效指标，按照公司规定的提成比例或单价计算出员工的实际提成工资。
   • 同时，核对员工的考勤记录、工作表现等，确保没有遗漏或错误，以准确计算出员工的实际工资总额。

2. 比较实际工资与保底工资：

   • 将计算出的实际提成工资与保底工资进行比较。
   • 如果实际提成工资高于保底工资，那么员工将按照实际提成工资获得报酬。
   • 如果实际提成工资低于保底工资，那么员工将按照保底工资获得报酬，以确保员工的收入不会低于公司承诺的最低标准。

3. 编制工资表：

   • 根据比较结果，编制详细的工资表，包括员工的姓名、工号、应发工资（即实际提成工资与保底工资中的较高者）、扣除项（如社保、公积金、个人所得税等）以及实发工资等信息。
   • 工资表需要经过相关部门和人员的严格审核，确保其准确无误。

4. 发放工资：

   • 按照公司规定的工资发放时间和方式，将工资支付给员工。这通常通过银行转账或现金等方式进行。
   • 确保员工能够及时、准确地收到他们的工资，并保留好支付凭证。

5. 保存相关记录：

   • 保存好工资表、考勤记录、工作量统计等相关资料，以备后续查询和审计。这些记录对于解决可能的工资纠纷或进行内部审计都非常重要。

三、注意事项

1. 遵守法律法规：在发放工资时，必须严格遵守国家相关的劳动法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。这包括按时支付工资、足额支付工资以及依法代扣代缴社会保险费等。

2. 及时沟通：与员工保持良好的沟通是非常重要的。解释工资计算的方式和依据，让员工了解自己的工资构成和计算方法，可以避免产生误解和纠纷。

3. 调整机制：根据公司的经营状况和市场需求，适时调整保底工资标准和提成比例也是必要的。这可以激励员工提高工作效率和质量，同时确保公司的薪酬体系保持竞争力和公平性。

综上所述，当员工的提成工资超过保底工资时，公司应按照上述流程和注意事项来发放工资，以确保公平、透明，并符合法律法规。