结论前置：在购房合同中，开发商违约金按月万分之一，而购房者按日万分之三是否合法，并非一成不变，而需根据具体案件情况，特别是实际损失、合同双方的具体状况及法律法规的强制性规定来综合判断。
分析说明：
合法性基础与意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，可以约定违约金的数额或计算方法。因此，从法律层面讲，只要该约定是基于双方自愿、平等、公平的协商结果，并且不违反法律法规的强制性规定，那么无论是按月万分之一还是按日万分之三，都是合法的。
违约金的合理性与调整：
- 违约金的合理性主要依据实际损失来判断。如果约定的违约金显著超过或低于因违约造成的实际损失，那么根据《民法典》的相关规定，当事人有权请求人民法院或仲裁机构对违约金进行适当调整。
- 在本案例中，若开发商违约金的计算方式（按月万分之一）与购房者违约金的计算方式（按日万分之三）存在显著差异，且这种差异导致了对其中一方明显不公平的结果，那么受不公平待遇的一方可以请求法院或仲裁机构对违约金进行调整。
实际损失的考量：
- 在确定违约金是否合理时，必须全面考虑因违约所造成的实际损失，包括直接的经济损失、预期利益的丧失以及因违约而产生的额外费用等。
- 如果购房合同中约定的违约金数额与实际损失相差悬殊，无论是过高还是过低，都可能不会被法院或仲裁机构完全支持。
操作建议：
- 在签订购房合同时，双方应充分协商并明确违约金的计算方式和数额，确保其既符合法律法规的要求，又能有效保护双方的合法权益。
- 如遇违约金争议，建议及时向我咨询，我将根据你的具体情况提供法律建议，并帮助你通过法律途径寻求解决，以确保自身权益得到妥善维护。
综上所述，购房合同中开发商违约金按月万分之一，购房者按日万分之三的约定是否合法，需结合具体案件情况来判断。在实际操作中，双方应充分考虑实际损失、法律法规及合同双方的具体状况等因素，合理约定违约金，以维护合同的公平性和有效性。