工资由不同的注册公司打入，这一行为本身并不直接构成违法，但其合法性取决于具体的情境和背后的原因。下面我将从不同角度为您详细分析：

1. 公司架构与财务安排：

   • 在一些大型集团或跨国公司中，由于业务需要或税务筹划，可能会存在多个注册公司。这些公司之间可能有资金往来或统一的财务安排，导致员工工资由不同的注册公司打入。在这种情况下，只要这种安排符合公司法规定，且不影响员工的合法权益，通常是合法的。

2. 劳务派遣或外包：

   • 如果员工是通过劳务派遣或外包方式工作的，那么工资可能由派遣公司或外包公司打入，而不是直接由用工单位打入。这种情况下，只要劳务派遣或外包合同合法有效，且工资支付符合劳动法规定，也是合法的。

3. 违法情况：

   • 然而，如果工资由不同的注册公司打入是为了规避法律责任，如逃税、漏税、逃避社保缴纳等，那么这种行为就是违法的。此外，如果这种安排导致员工权益受损，如工资被拖欠、社保未缴纳等，也是不合法的。

4. 法律建议：

   • 对于员工来说，如果发现自己的工资由不同的注册公司打入，且存在疑虑或担忧，建议首先与公司沟通了解具体情况。如果认为自己的权益受到侵害，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
   • 对于公司来说，应确保工资支付行为符合劳动法规定，避免使用不合法的财务安排来规避法律责任。

综上所述，工资由不同的注册公司打入并不直接构成违法，但其合法性需要根据具体情况来判断。如果您对此有疑虑或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。