当员工不同意停薪离职时，公司需要谨慎处理，确保遵循相关法律法规，并尊重员工的权益。以下是一些建议来处理这种情况：

首先，公司应全面、严谨地审查让员工停薪离职的决策的合法性和规范性。这包括检查是否有充足的合法理由来支持这一决策，如员工是否存在严重违规行为、是否无法胜任工作且经过培训或调整岗位后仍无法改善等。

如果公司确实有合法的理由，那么应尽可能与员工进行深入并坦诚的交流。在沟通过程中，公司应详细阐述让员工停薪离职的事实真相及相关情况，包括具体的违规行为、工作表现不佳的证据以及决策的依据等。同时，也要倾听员工的意见和诉求，了解他们不同意停薪离职的具体原因，并尝试寻找双方都能接受的解决方案。

如果沟通尝试后问题仍未解决，且公司有充足的合法证据来支持停薪离职的决策，那么公司可以依法解除与该员工之间的劳动合同关系。在此过程中，公司应确保遵循《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规的规定，并按照正当的程序进行解除。

然而，如果公司无法提供充足的合法理由来支持停薪离职的决策，那么就不能强行要求员工离职。在这种情况下，公司应重新考虑其决策，并寻求其他合法的解决方案，如与员工协商调整工作岗位、提供培训或改善工作环境等。

总之，处理员工不同意停薪离职的情况需要谨慎和细致。公司应确保遵循相关法律法规，尊重员工的权益，并通过深入沟通和协商来寻求双方都能接受的解决方案。如果无法达成一致，且公司有合法的理由和证据来支持其决策，那么可以依法解除与员工的劳动合同关系。但在整个过程中，公司都应保持公正、透明和合法的态度。