将员工低薪下调、提成提高是否合法，取决于具体的实施方式和劳动合同的具体内容。以下是详细分析：
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确规定了工资结构和提成比例，并且调整低薪和提成的方式符合劳动合同中的约定，那么这种调整通常是合法的。
- 如果劳动合同中没有明确约定调整低薪和提成的具体方式，但规定了用人单位有权根据经营情况或员工表现进行薪资调整，并且调整方式合理、公正，那么这种调整也可能被视为合法。
劳动法规定：
- 根据劳动法的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。因此，如果下调低薪导致员工的实际收入低于最低工资标准或违反了劳动法的其他相关规定，那么这种调整就是违法的。
- 同时，劳动法也规定了用人单位应当与劳动者协商一致变更劳动合同的相关内容。如果调整低薪和提成没有与员工进行协商或协商未达成一致，那么这种调整也可能存在法律风险。
实际操作中的注意事项：
- 在进行薪资调整时，用人单位应当确保调整方式合理、公正，并且符合劳动合同和劳动法的相关规定。
- 如果需要进行薪资调整，建议用人单位与员工进行充分沟通，并签订书面的薪资调整协议，以明确双方的权利和义务。
综上所述，将员工低薪下调、提成提高是否合法，需要根据具体的实施方式和劳动合同的具体内容来判断。如果调整方式合理、公正，并且符合劳动合同和劳动法的相关规定，那么这种调整就是合法的。反之，如果调整方式存在违法或不当之处，那么用人单位可能会面临法律风险。因此，在进行薪资调整时，用人单位应当谨慎操作，并确保符合相关法律法规的规定。