针对事业单位停薪留职人员不服从单位管理的情况，处理办法通常需要根据具体的政策文件和单位规定来执行。以下是一个基于您提供的参考信息整理出的处理框架，旨在为您提供一个清晰、详细且有深度的解答。

首先，对于停薪留职人员的管理，单位应当有明确的规章制度和政策依据。例如，某些地区（如富县）纪委和监委印发的《关于对“停薪留职”等人员有关问题的处理办法》就为处理此类问题提供了具体的指导。

一、基本情况梳理

1. 停薪留职的批准情况：

   • 是否经过县组织人事编制财政部门批准。
   • 停薪留职前的编制、人事工资等手续关系是否完善。
   • 是否已进入人力资源监管平台并在原单位正常上班。

2. 停薪留职的时间节点：

   • 停薪留职是在2014年11月之前还是之后办理的。

3. 当前状态：

   • 停薪留职人员是否服从单位管理。
   • 是否按规定补缴了社会养老保险、职业年金等费用。

二、处理办法

根据上述基本情况，可以采取以下处理办法：

1. 对于经批准且手续完善的停薪留职人员：

   • 如果在规定时间内补缴了社会养老保险、职业年金等费用，并经主管组织人事的县级领导批准同意返回单位正常上班，可以由乡镇纪委或派驻纪检监察组对其进行谈话提醒并报县纪委监委备案。

2. 对于2014年11月之前自行办理的停薪留职人员：

   • 如果手续完善且已进人力资源监管平台，但存在未正常上班等情形，除了补缴费用外，还需要对本人和同意其停薪留职的时任单位主要领导进行谈话提醒、批评教育。
   • 如果手续不完善或未在规定时间内写出辞职申请，县纪委监委将予以立案调查并责令辞退或开除。

3. 对于2014年11月及之后自行办理的停薪留职人员：

   • 如果未在规定时间内写出辞职申请，县纪委监委将直接予以立案调查并责令辞退或开除。

4. 对于“空挂”人员：

   • 如果未在规定时间内写出辞职申请，也将被立案调查并开除。

5. 对于不能按期补缴费用且不主动写出辞职申请的人员：

   • 同样将被立案调查并责令辞退或开除。

三、其他注意事项

1. 工龄计算：停薪留职的时间不得计入工龄。
2. 通知义务：单位负责通知到每一名停薪留职或空挂人员，因信息延误造成的纠纷由单位自行解决。
3. 政策时效性：处理办法可能具有时效性，如富县的处理办法规定自下发之日起一个月后自行废止。
4. 工会的作用：在处理职工问题时，工会可以发挥监督作用，提出意见并要求单位纠正不当行为。

综上所述，对于事业单位停薪留职人员不服从单位管理的处理办法需要综合考虑多种因素，并严格按照相关政策文件和单位规定执行。同时，单位也应当加强内部管理，完善规章制度，确保职工权益得到妥善保障。