工程罚款单一般是由负责该工程的监督管理单位或者建设单位（比如业主或开发商）根据合同约定或者相关管理规定来开具的。具体来说：

1. 监督管理单位：在工程项目中，通常会有专门的监督管理单位（如工程监理单位、建设行政主管部门等）负责监督工程的进度、质量、安全等方面。如果施工单位在施工过程中违反了相关规定或者合同约定，监督管理单位有权根据相关规定开具罚款单。

2. 建设单位：建设单位作为工程的发包方，也会与施工单位签订施工合同，并在合同中约定双方的权利和义务。如果施工单位在施工过程中未能履行合同约定的义务，或者违反了建设单位的管理规定，建设单位也有权根据合同约定开具罚款单。

需要注意的是，工程罚款单的开具应当遵循合法、公正、公平的原则，并且罚款金额、罚款事由等应当明确、具体，避免产生不必要的纠纷。如果施工单位对罚款单有异议，可以通过合法途径进行申诉或者寻求法律援助。