建设工程罚款通常由建设行政主管部门或建设单位依据法律法规和合同条款对施工单位进行。具体分析如下：
一. 罚款主体
建设行政主管部门：根据相关法律法规，如施工单位未按规定申领施工许可证、违反施工规范等，建设行政主管部门有权对其进行罚款。例如，对于未申领施工许可证的情况，可以给予警告、责令改正、责令停工，并可处以工程总造价0.5%至2%的罚款。
建设单位：在建设工程合同中，通常会明确约定施工单位的各项义务和责任，以及相应的违约处罚条款。如施工单位未按期完成工程、工程质量不达标、发生安全事故等，建设单位有权依据合同条款对其进行罚款。罚款的具体数额或计算方式应在合同中详细列明。
二. 罚款依据
法律法规：如《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》等，均对施工单位的违规行为规定了相应的法律责任，包括罚款等行政处罚。
合同条款：建设工程合同是建设单位与施工单位之间的法律约定，其中应明确约定施工单位的各项义务、责任以及违约处罚条款。这些条款是建设单位对施工单位进行罚款的重要依据。
三. 罚款执行
建设行政主管部门执行：对于违反法律法规的施工单位，建设行政主管部门可以依法进行罚款。罚款决定通常以行政处罚决定书的形式作出，并告知施工单位罚款的数额、缴纳期限和缴纳方式等。
建设单位执行：对于违反合同条款的施工单位，建设单位可以依据合同条款进行罚款。罚款前，建设单位应确保罚款行为有明确的合同依据，并遵循合同约定的罚款程序。罚款决定应以书面形式作出，并告知施工单位罚款的原因、数额和缴纳期限等。
我建议：在实际操作中，建设单位和施工单位应加强沟通与合作，确保工程项目的顺利进行。同时，建设单位应依法依规对施工单位进行管理和处罚，确保工程质量和安全。如遇具体法律问题或纠纷，应及时咨询专业律师以获取法律意见和支持。