完工清算协议签订后，原合同的结算清理条款一般仍然有效，但其具体效力可能受到清算协议内容的影响。以下是对这一问题的详细分析：

1. 清算协议的性质：

   • 完工清算协议通常是在工程项目完工后，双方对工程款项、费用、质量等问题进行最终确认和结算的书面协议。
   • 该协议的本质是对原合同项下权利义务的清理和了结，但并不意味着原合同的所有条款都自动失效。

2. 原合同结算清理条款的效力：

   • 原合同中的结算清理条款，如关于付款方式、付款时间、违约责任等，在清算协议未明确排除或修改的情况下，仍然对双方具有约束力。
   • 如果清算协议中明确对原合同的某些条款进行了修改或补充，那么这些修改或补充将优先适用。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果清算协议中明确约定“本协议签订后，原合同中的所有条款均失效”，那么原合同的结算清理条款也将不再有效。
   • 如果清算协议中对于某些特定问题（如工程质量、保修责任等）没有涉及，而原合同中有相关规定，那么在处理这些问题时，仍应参照原合同的相关条款。

4. 法律建议：

   • 在签订完工清算协议时，双方应明确约定原合同中哪些条款继续有效，哪些条款被修改或废除。
   • 如果对于清算协议或原合同的条款存在疑问或争议，应及时咨询专业律师，以避免后续的法律纠纷。

综上所述，完工清算协议签订后，原合同的结算清理条款并非自动失效，而是受到清算协议内容的影响。在处理相关问题时，应综合考虑清算协议和原合同的具体条款，并遵循相关法律法规的规定。如有任何疑问或争议，请随时向我咨询。