行政赔偿案件上诉申请发回重审，行政诉讼法第89条第三项可以作为理由。

在行政赔偿案件中，如果当事人对一审判决不服，可以依法提起上诉。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第八十九条的规定，人民法院审理上诉案件，按照下列情形，分别处理：……（三）原判决认定基本事实不清、证据不足的，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；……。这意味着，如果一审法院在审理行政赔偿案件时，存在认定基本事实不清、证据不足的情况，那么上诉法院可以依据行政诉讼法第八十九条第三项的规定，将案件发回原审人民法院重审。

具体来说，在行政赔偿案件上诉过程中，如果上诉人认为一审判决存在以下情形之一，就可以申请发回重审：

1. 一审法院对案件的基本事实认定不清，导致判决结果缺乏事实依据；
2. 一审法院在判决过程中，所依据的证据不足或者证据之间存在矛盾，无法形成完整的证据链支持判决结果。

在这种情况下，上诉人可以向上诉法院提出申请，要求将案件发回原审人民法院重新审理。上诉法院在审查后，如果认为上诉人的申请符合行政诉讼法第八十九条第三项的规定，就会作出将案件发回重审的裁定。

综上所述，行政诉讼法第89条第三项确实可以作为行政赔偿案件上诉申请发回重审的理由。如果当事人在一审过程中认为法院存在认定基本事实不清、证据不足的情况，可以依法提起上诉，并申请将案件发回原审人民法院重新审理。