针对您提出的“行政赔偿案件申请人申请发回重审的法院如何处理”的问题，以下是根据相关法律法规和司法实践给出的详细解答：

一、法律依据

首先，我们需要明确的是，行政赔偿案件作为行政诉讼的一种特殊类型，同样适用《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定。根据该法第八十九条，人民法院在审理上诉案件时，对于原判决认定基本事实不清、证据不足，或者原判决遗漏当事人、违法缺席判决等严重违反法定程序的情形，可以裁定发回原审人民法院重审。

二、发回重审的具体处理流程

1. 审查申请：

   • 当行政赔偿案件的申请人提出发回重审的申请时，受理法院首先需要对该申请进行审查，确认是否存在法律规定的发回重审的情形。

2. 作出裁定：

   • 如果经审查认为确实存在发回重审的情形，法院将依法作出裁定，将案件发回原审人民法院进行重审。
   • 裁定中应明确发回重审的理由和依据，以及重审时需要注意的事项。

3. 重新组成合议庭：

   • 原审人民法院在接到发回重审的裁定后，应当按照第一审程序另行组成合议庭进行审理。这是为了确保重审的公正性和独立性。

4. 重新审理并作出判决：

   • 重新组成的合议庭将对案件进行全面审理，根据查明的事实和法律规定，作出新的判决。
   • 在重新审理过程中，应充分保障当事人的合法权益，包括知情权、陈述权、申辩权等。

5. 限制再次发回重审：

   • 为了防止诉讼拖延和司法资源的浪费，法律明确规定，原审人民法院对发回重审的案件作出判决后，当事人提起上诉的，第二审人民法院不得再次发回重审。

三、注意事项

1. 保障当事人权益：在发回重审的过程中，应确保当事人的合法权益得到充分保障。法院应及时通知当事人相关诉讼进展，并听取其意见和陈述。

2. 提高审判效率：发回重审应严格遵循法律规定，避免不必要的诉讼拖延。法院应尽快完成重新审理和判决工作，提高审判效率。

3. 加强监督指导：上级法院应加强对下级法院的监督指导，确保发回重审的案件得到公正、高效的处理。对于在重审过程中发现的违法违规行为，应及时予以纠正和处理。

综上所述，行政赔偿案件申请人申请发回重审时，法院将依据相关法律规定进行审查和处理。在重新审理过程中，应确保公正、高效、合法地处理案件，充分保障当事人的合法权益。