单位把两份合同都拿走了，确实存在擅自更改合同的可能性。下面我详细为你分析一下这个问题：

1. 合同管理的常规做法：

   • 在正常的合同管理流程中，通常双方会各持一份合同原件，以便随时查阅和确保合同条款的准确性。
   • 如果单位单方面拿走了两份合同，这打破了常规的合同管理平衡，使得员工在需要查阅合同时处于被动地位。

2. 单位擅自修改合同的风险：

   • 当单位持有两份合同时，理论上他们有可能擅自修改合同条款，特别是那些涉及员工权益的部分，如劳动报酬、工作条件等。
   • 这种修改如果未经员工同意，将严重损害员工的利益，且员工可能难以察觉。

3. 员工权益的保障问题：

   • 员工在没有合同原件的情况下，对自身权益及合同履行情况缺乏掌控，难以有效监督单位是否按照合同约定执行。
   • 在法律层面，单位这种行为可能涉嫌侵害员工的知情权和公平交易权。

4. 纠纷解决时的举证问题：

   • 如果出现合同纠纷，员工因无法提供合同原件，可能在举证上处于不利地位。
   • 缺少合同原件可能导致部分关键条款难以认定，进而影响最终裁判结果，对员工的合法诉求实现构成障碍。

综上所述，单位把两份合同都拿走，确实存在擅自更改合同的风险。为了保护自己的权益，建议你尽快与单位沟通，要求保留一份合同原件。如果单位拒绝，你可以考虑咨询相关部门或寻求法律援助，以确保自己的合法权益不受侵害。如果你有任何进一步的法律问题，都可以直接向我咨询。