个人所得税上有两家受雇单位，公司是否会看到，取决于多种因素。以下是对此问题的详细分析：
个税系统的独立性：
- 个人所得税APP和自然人电子税务局的申报数据是由纳税人自行填写并提交的。税务系统主要关注纳税义务的履行情况，而非劳动者的就业单位数量。因此，公司通常无法通过常规渠道获取员工的全部个税申报记录。
公司可能发现的间接途径：
- 社保与公积金缴纳异常：若两家公司均为员工缴纳社保或公积金，可能会引发系统预警，导致被追查。特别是在部分已实现社保信息共享的城市，重复参保更易被识别。
- 工资发放信息泄露：如果员工的银行流水显示多笔不同来源的工资收入，且公司要求提供流水证明（如贷款审批时），则可能暴露双重劳动关系。
- 工作冲突或时间管理问题：员工因工作时间重叠导致的考勤异常、项目延误等问题，可能被同事或上级察觉并上报管理层。
- 行业内部信息互通：在特定行业内，企业间可能存在合作或竞争关系，员工在多家公司任职的信息可能通过业务往来被传递。
- 主动披露或误操作：员工在签订竞业协议、背景调查等环节主动透露兼职信息，或在个税APP中错误勾选“两处以上取得收入”选项，也可能导致公司发现。
税务稽查风险：
- 如果个税申报数据与实际情况严重不符，如虚报扣除项，可能触发税务部门的专项核查。在核查过程中，员工的多重劳动关系可能被暴露。
综上所述，虽然公司无法直接通过个税系统发现员工有两份工作，但存在多种间接途径可能导致公司察觉。因此，员工在兼职或存在多重劳动关系时，应谨慎处理个税申报、社保缴纳等相关工作，以避免潜在的风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。