当公司被员工以九级工伤为由申请仲裁时，应当按照以下步骤来妥善处理：

一、确认劳动关系

首先，公司需要确定与该员工之间是否存在真实有效的劳动关系。这是处理工伤仲裁案件的基础。公司应准备一系列相关证据，如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等，以证明双方的劳动关系。如果对这些证据的真实性或有效性存在争议，公司应尽早进行核实和补充。

二、工伤认定核实

接下来，公司需要仔细审查员工的工伤认定程序是否符合法律规定。这包括查看工伤认定的依据，如诊断证明、事故现场的具体描述等。如果公司对工伤认定结论存在异议，应在规定的时间内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护公司的合法权益。

同时，公司应积极收集能证明员工工伤不成立或者并非因工作原因导致的证据。例如，提供事故发生时员工不在工作岗位的证明，或者其违规操作导致事故的相关材料等。这些证据将有助于公司在仲裁过程中反驳员工的不合理诉求。

三、积极沟通协商

在确认劳动关系和工伤认定核实的基础上，公司应主动与员工进行沟通，了解其诉求，并尝试达成和解协议。通过协商，双方可以就工伤赔偿、医疗费用、康复费用等问题达成一致，从而避免进入仲裁流程。如果双方能够协商一致，应签订书面协议，明确双方的权利和义务，以确保协议的合法性和有效性。

四、准备仲裁答辩

如果协商没有达成一致，公司需要认真准备仲裁答辩状。在答辩状中，公司应依据事实和法律条文反驳员工的不合理诉求，并详细阐述公司的观点和理由。同时，公司应将收集到的证据和观点进行整理，以便在仲裁庭审中充分展示。

五、参加仲裁庭审

最后，公司应按时参加仲裁庭审，并在庭审中充分展示收集到的证据和观点。在庭审过程中，公司应积极配合仲裁庭的调查和询问，并据实回答相关问题。同时，公司应尊重仲裁庭的裁决结果，并依法履行相关义务。

综上所述，当公司被员工以九级工伤为由申请仲裁时，应确认劳动关系、工伤认定核实、积极沟通协商、准备仲裁答辩以及参加仲裁庭审等步骤来妥善处理。通过这些措施，公司可以有效地维护自己的合法权益，并妥善处理与员工之间的工伤纠纷。