员工按正常流程辞职但不批准的情况，可以按照以下步骤处理：

1. 与用人单位协商：

   • 诚恳地与单位领导或人力资源部门沟通，清晰、理性地阐述辞职原因，如个人职业发展规划、家庭因素等，争取得到理解与批准。

2. 依据法律规定履行通知程序：

   • 根据《劳动合同法》，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同；在试用期内提前三日通知用人单位，即可解除劳动合同。这里的“通知”性质为单方意思表示，无需用人单位同意。
   • 为避免后续纠纷，通知最好采用挂号信、电子邮件等可留存记录的方式送达，并保留好相关证据。

3. 若用人单位存在违法行为：

   • 如未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件、未及时足额支付劳动报酬等，劳动者可随时解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿。
   • 若辞职过程中自身合法权益受到侵害，可向劳动争议仲裁机构或人民法院寻求帮助，依法维护自身权益。

4. 办理离职手续并索要离职证明：

   • 到期后正常办理工作交接，并要求单位出具离职证明。这是劳动者的合法权益，也是后续就业和办理相关手续的重要凭证。

5. 法律途径维权：

   • 若单位拒绝办理离职手续、出具证明或克扣工资，可向劳动监察部门投诉，由其责令单位改正。
   • 也可申请劳动仲裁，要求单位履行法定义务，并主张相应的赔偿。

综上所述，员工按正常流程辞职但不批准时，应首先尝试与用人单位协商；协商无果后，可依据法律规定履行通知程序并保留相关证据；若单位存在违法行为或拒绝办理离职手续，可通过法律途径维护自身权益。