单位按照最低基数缴纳社保，赔偿差额一般应由单位承担。以下是对这一问题的详细分析：

1. 社保缴纳基数的规定：

   • 社保缴纳基数通常应根据员工的实际工资来确定，而非简单地按照最低基数缴纳。这是保障员工权益、确保社保制度公平性的重要原则。

2. 单位责任：

   • 如果单位未按照员工实际工资而是按照最低基数缴纳社保，这实际上是对员工权益的侵害。在这种情况下，如果员工因此遭受了损失（如退休金减少、医疗保险报销不足等），单位应承担相应的赔偿责任。
   • 单位作为社保的缴纳主体，有责任确保社保缴纳的准确性和合法性。因单位过错导致的社保缴纳问题，其后果应由单位承担。

3. 员工权益保护：

   • 员工有权要求单位按照其实际工资缴纳社保，这是员工的合法权益。如果单位拒绝或无法做到，员工可以通过法律途径维护自己的权益。
   • 在员工维权过程中，如果确实存在单位未按规定缴纳社保的情况，员工可以要求单位赔偿因此造成的差额损失。

4. 法律建议：

   • 对于单位而言，应严格遵守社保缴纳的相关规定，确保员工的社保权益得到充分保障。如果因特殊原因无法按照实际工资缴纳社保，应及时与员工沟通并寻求合法合规的解决方案。
   • 对于员工而言，如果发现单位存在未按规定缴纳社保的情况，应及时与单位沟通并要求纠正。如果单位拒绝纠正，员工可以向当地社保部门或劳动监察部门投诉举报，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。

综上所述，单位按照最低基数缴纳社保时，赔偿差额一般应由单位承担。这是基于社保缴纳基数的规定、单位的责任以及员工权益保护的原则所得出的结论。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。