国有土地挂牌出让的制度并非从某一特定年份突然开始实行，而是随着土地市场的发展和政策法规的完善逐步确立和推广的。

从背景信息中我们可以了解到，1999年，全国仅有广东、浙江、江苏三省建立了国有土地招标拍卖制度。这表明在那时，挂牌出让作为招标拍卖的一种形式，可能已经在某些地区开始尝试或实施。然而，这并不意味着全国范围内都普遍实行了挂牌出让。

随着时间的推移，到2004年，各省区市普遍出台了招拍挂政策，完善了招拍挂管理办法，并制定了招拍挂操作规范。这标志着在全国范围内确立了经营性土地招拍挂出让制度，其中自然也包括挂牌出让。因此，可以说在这一时期，挂牌出让作为一种国有土地出让方式，已经在全国范围内得到了较为广泛的推广和应用。

此外，从2002年开始，国土资源部等部门还发布了一系列通知和规定，进一步强调和推动了经营性土地使用权以招标、拍卖或者挂牌的方式出让。这些政策文件的出台，不仅规范了国有土地出让行为，也促进了土地市场的健康发展。

综上所述，虽然无法给出一个具体的年份来回答“国有土地从哪年开始实行挂牌出让”的问题，但可以确定的是，挂牌出让作为国有土地出让的一种方式，是在土地市场的发展和政策法规的完善过程中逐步确立和推广的。特别是在2004年之后，随着全国范围内经营性土地招拍挂出让制度的确立，挂牌出让已经成为了一种重要的国有土地出让方式。