当旅馆未登记住宿旅客信息，且该旅客后来被证实为犯罪人时，处理这种情况主要依据相关的法律法规进行。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十六条：
- 旅馆业的工作人员对住宿的旅客不按规定登记姓名、身份证件种类和号码的，处二百元以上五百元以下罚款。
- 旅馆业的工作人员明知住宿的旅客是犯罪嫌疑人员或者被公安机关通缉的人员，不向公安机关报告的，处二百元以上五百元以下罚款；情节严重的，处五日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
《中华人民共和国反恐怖主义法》第八十六条（相关条款，虽不直接针对此情况，但提供了一定的法律背景）：
- 住宿等业务经营者未按规定对客户身份进行查验的，由主管部门处十万元以上五十万元以下罚款，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处十万元以下罚款。
二、处理流程
发现与报告：
- 旅馆工作人员在发现未登记旅客信息或疑似犯罪人员时，应立即向当地公安机关报告。
调查与处罚：
- 公安机关将进行调查，确认旅馆是否存在未按规定登记旅客信息的行为。
- 如确认存在违规行为，公安机关将根据《治安管理处罚法》的相关规定对旅馆进行处罚，包括但不限于罚款、拘留等。
整改与预防：
- 旅馆需立即整改，确保未来严格遵守旅客信息登记制度。
- 加强员工培训，提高员工对旅客信息登记重要性的认识。
- 建立健全内部管理制度，确保旅客信息登记的准确性和及时性。
三、旅馆应如何避免此类情况
严格落实实名制登记制度：
- 旅馆应确保每位旅客都进行了实名制登记，包括姓名、身份证件种类和号码等。
- 对证件进行真伪核对，确保登记信息的准确性。
加强员工培训与管理：
- 定期对员工进行法律法规和业务流程培训，提高员工的法律意识和业务能力。
- 建立健全员工考核制度，确保员工能够严格遵守相关规定。
配合公安机关的工作：
- 积极与公安机关沟通合作，及时报告可疑情况。
- 在公安机关需要时，提供必要的协助和配合。
综上所述，旅馆未登记住宿旅客信息且该旅客后来被证实为犯罪人时，旅馆将面临相应的法律责任。为避免此类情况的发生，旅馆应严格落实实名制登记制度、加强员工培训与管理，并积极配合公安机关的工作。