在公司拖欠员工工资但已申报个税的情况下，员工仍需根据工资所属期进行个人所得税的申报，而公司则应根据实际发放的工资进行税款的计算和缴纳。以下是对此问题的详细分析：

1. 员工个税申报义务：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，员工在纳税年度内提供了劳动服务并获得了相应的所属期的工资（即使未收到现金），就产生了个人所得税的申报义务。这是员工的法定责任，与公司支付工资的时机无关。
   • 因此，即使公司拖欠工资，员工仍需在规定的申报期内，根据工资所属期进行个税申报。

2. 公司税款计算和缴纳：

   • 公司作为扣缴义务人，应按照实际发放的工资薪金进行税款的计算，并在规定的申报期内进行税款申报。
   • 如果工资未实际发放，公司在对应的申报期内无需为该部分工资预扣预缴或代扣代缴个人所得税。而是在实际发放工资的月份，将该月实际发放的工资总额合并计算应扣缴的个人所得税，并进行申报缴纳。

3. 实务操作与风险：

   • 在实务操作中，不同地方的税务机关可能有不同的要求和做法。因此，建议公司在遇到工资拖欠情况时，及时与当地主管税务机关沟通，了解并遵循当地具体的申报要求和操作办法。
   • 如果公司未按照当地税务机关的要求进行申报，可能会面临税务风险，如被认定为未按规定履行代扣代缴义务，从而受到税务行政处罚。

4. 员工权益保护：

   • 如果公司长期拖欠工资，员工可以依法向劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。
   • 在此过程中，员工应保留好相关证据（如劳动合同、工资单、银行流水等），以便在需要时提供证明。

综上所述，公司在拖欠员工工资但已申报个税的情况下，员工仍需根据工资所属期进行个税申报；而公司则应根据实际发放的工资进行税款的计算和缴纳，并确保遵守当地税务机关的具体要求，以避免税务风险。同时，员工也应关注自己的权益保护，必要时采取法律措施维护自身权益。