水果在开具电子发票时，其大类通常被归类为“农产品”或具体的“水果类别”。在您提供的参考信息中，明确提到了海南省三亚市税务局针对免税农产品（包括水果）推行的增值税电子普通发票掌上代开机制。这表明，在税务实践中，水果作为农产品的一个细分类别，是可以开具增值税电子发票的。

具体来说，当您需要为销售的水果开具电子发票时，您应该在发票上选择“农产品”作为大类，并在具体商品名称中注明是哪种水果，比如“苹果”、“香蕉”等。如果您使用的开票系统有更加详细的分类选项，您也可以根据系统提供的分类来选择对应的水果类别。

总的来说，水果在电子发票中的大类归属是“农产品”，并在具体商品名称中进一步细化到具体的水果种类。这样的分类方式既符合税务规定，也能确保发票信息的准确性和清晰性。