楼顶违建已入住的拆除工作，需要遵循一系列严谨且合法的流程，同时考虑到居住者的基本生活权益。以下是对此问题的详细解答：
一、明确违建性质
首先，由城乡规划主管部门或相关执法机关通过调查取证，核实建筑物的建设时间、地点、面积、用途及建设主体等信息，依据相关法律法规判断其是否属于违章建筑。这一步骤是后续所有行动的基础。
二、责令改正与行政处罚
责令停止建设或限期改正：
- 一旦建筑被确认为违章，相关部门会立即向建设者或使用者发出《责令停止违法行为通知书》或《责令限期改正通知书》。
- 要求其在规定期限内自行拆除或改正违章部分，这是给予当事人自我纠正的机会。
行政处罚决定：
- 若当事人未在规定期限内采取行动，相关部门将依法作出行政处罚决定，并向其送达《行政处罚决定书》。
- 该决定书会明确责令当事人限期拆除违章建筑，并告知其享有申请行政复议或提起行政诉讼的权利。
三、催告与强制执行申请
催告程序：
- 当事人在行政处罚决定书规定的期限内既不申请复议或诉讼，又不履行拆除义务的，相关部门将进行催告。
- 向其送达《催告书》，并再次告知其享有陈述和申辩的权利。
申请强制执行：
- 经催告后，当事人仍不履行拆除义务的，相关部门将在法定期限内向人民法院申请强制执行。
- 人民法院将对行政行为的合法性进行审查，并作出是否准予强制执行的裁定。
四、拆除实施与人文关怀
拆除准备：
- 在拆除前，相关部门应与居住者进行充分沟通，解释政策，劝导其搬离，并给予合理的搬离期限。
- 应确保居住者的基本生活需求得到满足，特别是对于弱势群体或生活困难的居住者，政府应提供适当的帮助和安置措施。
拆除过程：
- 拆除工作应遵守环保和安全规定，采取必要措施确保拆除工作的安全进行。
- 应妥善保管和处理建筑内的财物，避免造成财产损失。
- 拆除时应尽量避免对周边环境和其他合法建筑造成损害。
善后处理：
- 拆除后，应妥善处理建筑垃圾，避免对环境造成二次污染。
- 对于符合住房保障条件的居住人员，应指导其申请住房保障的途径和方式。
五、法律责任与强制措施
- 若居住者拒绝配合拆除工作，相关部门有权采取多种强制措施，如冻结银行账户、查封财产等，甚至可能追究刑事责任。
- 但这些措施必须在法律框架内进行，并确保程序的公正性。
综上所述，楼顶违建已入住的拆除工作是一个复杂而敏感的过程，需要政府、法律和社会各方面的共同努力和协作。在处理过程中，既要严格遵守法律法规，确保程序的合法性；又要兼顾人文关怀和社会稳定，确保居住人员的基本生活权益得到充分保障。如果您面临这样的情况或有更多疑问，建议咨询专业的法律顾问或律师以获取更具体的法律意见和帮助。