职工医保和农村合作医疗（现已整合为城乡居民医保）是我国两种基本的医疗保险制度，它们之间存在几个主要的区别：

一、参保对象不同

职工医保主要覆盖的是有就业单位的职工，包括党政机关、企事业单位、民营经济和个体工商业者的职工，以及灵活就业者。这些职工与用人单位建立了稳定的劳动关系，并依法履行缴费责任，参加职工基本医疗保险。

而城乡居民医保则主要面向没有工作单位的城乡居民，包括18岁以下儿童、未纳入职工医保范围的老年居民、在校大学生以及原来参加“新农合”的广大农村居民等。

二、费用来源与缴纳标准不同

职工医保的费用由用人单位和职工个人共同缴纳，具体缴费标准允许地方结合实际情况自行确定。一般来说，职工医保的年均缴费额较高，达到几千元。

城乡居民医保则采取个人缴费与财政补助相结合的方式，个人缴费标准和财政补助标准根据国家、省统一要求适时调整。相较于职工医保，城乡居民医保的个人缴费额较低，年均只需几百元，且财政补助占有较大比重。

三、缴费要求与待遇享受不同

职工医保是按月缴费的，用人单位统一代扣代缴。职工退休时达到缴费年限要求的，不再缴费并开始享受退休医保待遇。未达到缴费年限要求的，需在退休时一次性趸缴不足年限的保费。

城乡居民医保则是按年度缴费的，不计算累计缴费年限。参保人需在上一年度的集中参保缴费期预先缴费，然后在下一年度享受医保待遇。如果错过了集中参保缴费期，则会有一定期限的待遇等待期。

在待遇享受方面，由于城乡居民医保的缴费标准较低，其保障待遇水平相较于职工医保要低一些。例如，住院报销比例总体上要比职工医保低10个百分点左右。此外，职工医保实行“统账结合”模式，除享受统筹待遇外，还建立个人账户用于在定点药店购药等；而城乡居民医保只享受统筹待遇，不建立个人账户。

四、大病保障不同

无论是职工医保还是城乡居民医保，当参保人不幸身患大病、重病时，都可以享受大病保险保障。不过两者在大病保险的缴费和报销上有所不同。

职工医保的大病保险通常需要参保人额外缴费，并由商业保险公司按规定给予报销。而城乡居民大病保险则不需要参保人额外缴费，大病保险费由城乡居民基本医疗保险基金承担，并由商业保险公司按照大病保险的有关政策规定对身患重疾医疗费用支出较大的参保居民给予一定的经济补偿。

综上所述，职工医保和农村合作医疗（城乡居民医保）在参保对象、费用来源与缴纳标准、缴费要求与待遇享受以及大病保障等方面都存在明显的区别。参保人应根据自身情况选择适合自己的医疗保险制度进行参保。