公司搬迁跨县员工不跟过去，赔偿问题需根据具体情况确定。以下是对不同情形下的详细分析：
若搬迁对员工影响小，合同可继续履行：
- 当公司搬迁距离较近（如跨县但交通便捷），对员工的工作和生活影响不大时，且公司采取了合理措施保障员工继续履行合同（如提供交通补贴、调整工作时间等），员工无正当理由拒绝随迁的，用人单位无需支付经济补偿。
若搬迁导致合同无法履行，且双方未协商一致：
- 当公司搬迁距离较远，对员工的工作和生活造成重大影响，导致劳动合同无法按照原约定继续履行，且双方未能就变更劳动合同内容（如工作地点、工作时间等）达成协议时，用人单位应支付经济补偿。
- 补偿标准按照《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条执行，即经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿标准按职工月平均工资三倍的数额支付，最高不超过十二年。
操作流程：
- 用人单位应提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同，并按规定支付经济补偿。
- 如果公司在搬迁过程中存在违反法律法规或劳动合同约定的行为，劳动者有权依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司承担相应的法律责任。
示例：
假设员工小张在公司工作了5年，劳动合同解除前12个月的平均工资为6000元。因公司搬迁跨县，距离较远，小张不愿意随迁，且公司与小张未能就变更劳动合同达成一致。在这种情况下，公司应当向小张支付的经济补偿为：5×6000 = 30000元（工作年限5年，按5年计算）。
综上所述，公司搬迁跨县员工不跟过去时，赔偿问题的处理需根据具体情况而定。若搬迁对员工影响小且合同可继续履行，则无需赔偿；若搬迁导致合同无法履行且双方未协商一致，用人单位应按规定支付经济补偿。