竣工结算的法律依据主要涉及多个层面，包括国家法律法规、部门规章以及相关的司法解释。以下是对竣工结算法律依据的详细阐述：
一、主要法律法规
《基本建设财务规则》（财政部令第81号）
- 该规则对基本建设项目的财务管理进行了规范，包括资金筹集、使用、管理和监督等方面，是竣工结算的重要法律依据之一。
《建设工程价款结算暂行办法》（财建〔2004〕369号）
- 该办法对建设工程价款的结算进行了详细规定，包括结算方式、程序、时限以及争议解决等，是处理建设工程价款结算问题的直接依据。
二、相关部门通知与规定
- 《关于完善建设工程价款结算有关办法的通知》（财建〔2022〕183号）
- 该通知针对建设工程价款结算中存在的问题，提出了具体的完善措施，如提高建设工程进度款支付比例、推行过程结算等，旨在进一步规范建设工程价款结算行为。
三、司法解释与指导性意见
最高人民法院的相关司法解释
- 最高人民法院针对建设工程承包合同案件中的结算问题，发布了多个司法解释和指导性意见，如《最高人民法院关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》等，为处理此类案件提供了法律依据。
地方性法规与规章
- 虽然部分地方性法规或规章中可能规定以审计结果作为竣工结算依据，但根据全国人大常委会法工委的复函，此类规定若限制了民事权利或超越了地方立法权限，应予以纠正。因此，在具体案件中，需审慎对待地方性法规或规章中的相关规定。
四、“以政府审计为准”条款的适用与争议
适用前提：
- “以政府审计为准”条款应以当事人明确且无争议的约定为适用前提。若施工合同未明确约定，建设单位无权以政府审计程序为由拖延工程结算、付款。
适用后果：
- 当政府审计完成之前，建设单位仅享有拒绝支付结算款的暂时性抗辩权。即便审计未完成，也不会导致施工单位丧失要求建设单位付款的请求权。
适用例外：
- 相应条款被认定为约定不明时，可能不予适用。
- 施工合同无效时，相应约定可能会被认定为不属于可以参照适用的条款。
- 非施工单位原因导致审计程序不启动或久审不决时，施工单位享有突破结算价以政府审计价为准约定的权利。
- 政府审计结论与客观情况严重不符时，当事人可举证要求以客观施工事实为基础确定结算价。
- 建设单位与施工单位虽未以审计结论为依据但另行签署并履行了结算协议时，应以结算协议作为认定工程结算款依据。
综上所述，竣工结算的法律依据是一个复杂而庞大的体系，涉及多个层面和多个方面。在处理具体案件时，需根据案件的具体情况和相关法律法规、部门规章以及司法解释的规定进行综合分析判断。