员工提出离职，公司不可以仅因员工有侵害公司利益的行为而不同意其离职。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 员工离职权利：

   • 根据《劳动合同法》的规定，员工有权依法提出离职，这是员工的法定权利。公司不能仅因员工存在侵害公司利益的行为而剥夺其离职的权利。

2. 处理侵害公司利益的行为：

   • 如果员工确实存在侵害公司利益的行为，公司应当通过合法的途径来维护自身的权益，比如提起民事诉讼、报警或者通过内部规章制度进行处罚等。
   • 公司可以在员工离职后，继续追究其法律责任，要求赔偿损失或者承担其他相应的法律责任。

3. 离职与侵害行为的关联：

   • 员工提出离职与其是否侵害公司利益是两个独立的事项。离职是员工的个人选择，而侵害公司利益则是员工可能存在的违法行为。
   • 公司不能因为员工提出离职就放弃追究其侵害公司利益的责任，同样也不能因为员工侵害公司利益就阻止其离职。

4. 建议：

   • 如果公司认为员工存在侵害公司利益的行为，应当及时收集证据，并通过合法的途径来维护自身的权益。
   • 在员工提出离职时，公司应当按照法律规定办理离职手续，并结清员工的工资和福利待遇等。

综上所述，员工提出离职是公司不能仅因其有侵害公司利益的行为而不同意其离职的。公司应当通过合法的途径来处理员工的侵害行为，并尊重员工的离职权利。如果你在这方面有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。