关于工程项目评标结束后发现专家应回避却未回避的处理方式，以下是我的详细解答：
核心结论：
- 评标意见无效：该专家的评标意见将被视为无效，不得作为评标结果的依据。
- 罚款与禁止参与：根据相关法律法规，该专家可能会面临2万元以上5万元以下的罚款，并被禁止参加政府采购评审活动。
- 重新评审：如评标委员会因专家回避问题导致组成不符合规定，或评标报告已签署、中标公告已发布后发现应回避而未回避的情况，可能需要重新组建评标委员会进行重新评审。
详细分析：
法律依据：
- 根据《政府采购法实施条例》第七十五条，政府采购评审专家与供应商存在利害关系应回避而未回避的，其评审意见无效，并可能面临罚款和禁止参加政府采购评审活动的处罚。
- 《政府采购货物和服务招标投标管理办法》（财政部令第87号）也有相关规定，评标中因成员应回避而未回避导致评标委员会组成不符合规定的，应依法补足后继续评标或重新组建评标委员会。
处理流程：
- 发现回避问题：在评标过程中或评标结束后，如发现专家存在应回避而未回避的情况，应立即停止该专家的评标工作。
- 评标意见处理：该专家的评标意见将被视为无效，不得计入评标结果。
- 处罚与禁止：根据法律法规，对违规专家进行罚款，并禁止其参加未来的政府采购评审活动。
- 重新评审考虑：如评标委员会因专家回避问题而无法继续或已出具的评标报告存在瑕疵，应考虑重新组建评标委员会进行重新评审。
特殊情况处理：
- 如评标已经结束且中标公告已发布，发现专家应回避而未回避的，可能需要根据具体情况决定是否重新评审。若重新评审成本过高或影响过大，可能需通过其他方式解决，如与相关部门协商、寻求法律救济等。
总结：
工程项目评标结束后发现专家应回避却未回避，应严格按照法律法规进行处理，确保评标结果的公正性和合法性。同时，也应加强评标专家的管理和培训，提高专家的法律意识和职业素养，避免类似问题的再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。