工资发多了三月后扣除是否合法，取决于具体情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 若双方有明确约定：

   • 如果在劳动合同或相关的工资支付协议中，明确规定了工资发放后若发现多发可以扣除的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么单位在发现工资发多后，按照约定在三个月后扣除多发的部分，通常是合法的。

2. 若无明确约定：

   • 若劳动合同或相关协议中并未明确约定此类情况的处理方式，单位单方面在三个月后扣除多发的工资，可能会涉及侵犯劳动者合法权益的问题。在这种情况下，劳动者有权要求单位说明扣款的理由，并有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

3. 考虑实际操作中的合理性：

   • 即便有约定，单位在扣除多发工资时，也应当遵循合理、公平的原则，确保扣款行为不会给劳动者造成不必要的困扰或损失。例如，扣款前应当通知劳动者，说明扣款的原因和金额，并确保扣款行为符合相关法律法规的规定。

4. 法律建议：

   • 对于劳动者而言，若遇到单位无故扣除工资的情况，应当及时与单位沟通，要求单位提供扣款依据。若沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉，或者寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
   • 对于单位而言，在制定工资支付制度时，应当明确约定工资发放和扣款的相关条款，并确保这些条款符合法律法规的规定。在扣款前，应当与劳动者进行充分沟通，确保扣款行为的合法性和合理性。

综上所述，工资发多了三月后扣除是否合法，取决于双方是否有明确约定以及扣款行为的合理性和合法性。若您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。