公司多发两个月工资事后扣除是否合法，这主要取决于用人单位与劳动者之间是否有明确约定，以及扣除行为是否符合法律法规和公平诚信原则。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
- 有明确约定且遵循规定：
- 如果用人单位与劳动者之间有明确的规章制度或合同约定，规定因计算错误等原因多支付的工资可以在后续工资中扣除，并且该规章制度或合同是通过民主程序制定且已向劳动者公示告知的，那么用人单位在事后扣回多发的工资通常是合法的。
- 扣除的金额应仅限于多支付的部分，不能额外扣除其他费用。同时，必须遵循公平原则和诚信原则，不得违反法律法规的强制性规定，如不得扣除员工的基本工资，扣除后员工的工资不得低于当地最低工资标准等。
- 实例：公司财务人员在核算工资时误将某员工的绩效奖金多算了1000元，而公司一直有规定对于此类因工作失误多发的工资可在后续工资中扣除，并且该规定已在员工手册中明确记载，员工入职时也签收并学习了员工手册。在这种情况下，公司在下个月工资中扣除这1000元是合法的。
可能不合法的情况
无相关约定或违反约定：
- 如果用人单位没有与劳动者就多发工资的扣除方式达成明确约定，或者虽然达成了约定但扣除行为违反了约定的内容（如扣除金额超出多发部分、扣除方式不合理等），那么用人单位擅自扣回多支付的工资则可能不合法。
侵害劳动者权益：
- 工资一旦发放到劳动者手中，就属于劳动者的合法财产。如果用人单位未经劳动者同意擅自扣除多发工资，或者扣除行为给劳动者造成了较大经济损失或不良影响（如导致劳动者生活困难、无法维持基本生活等），那么这种行为可能会被视为侵害了劳动者的合法权益，从而被认定为不合法。
- 实例：某员工实际上加班时长统计有误，本应多发500元工资，但公司却误判为发多了，并在下个月强行扣除1000元。这种扣除行为没有事实依据且不符合公平原则，因此是不合法的。
员工的权益保护
如果劳动者认为用人单位扣回多发工资的行为不合法或存在争议，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，了解扣除的原因和依据，并表达自己的观点和诉求。
- 投诉或仲裁：如果双方无法达成一致或劳动者认为用人单位的解释不合理，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来寻求帮助和解决问题。
总结与建议：
- 对于用人单位而言，在扣除多发工资前，应确保有合法依据并遵循相关法律法规和公平诚信原则，避免侵害劳动者的合法权益。
- 对于劳动者而言，在面临此类问题时，应积极与用人单位沟通协商，了解扣除的原因和依据。如果认为用人单位的行为不合法或存在争议，可以及时向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。