结论：公司制度规定员工迟到一次扣50元，其合法性需根据具体情况判断。若该制度未经民主程序制定、未公示或扣减工资不合理，则通常不合法；反之，若满足一定条件，则可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
无相关规章制度或未履行合法程序：
- 如果公司没有制定关于迟到扣款的规章制度，或者虽有制度但未经过合法的制定和公示程序（如未经职工代表大会讨论、未向全体员工公开公示等），那么公司随意以迟到为由扣员工50元工资就是违法的。
规章制度不合理：
- 即使公司制定了关于迟到扣款的规章制度，但如果迟到扣50元的标准明显过高，对员工造成了不合理的经济负担，也可能被认定为违反劳动法。例如，对于低薪员工而言，高额的扣款可能构成不合理的经济压力，此时该扣款行为可能被视为不合法。
违反最低工资标准：
- 如果因多次迟到导致扣除的工资数额较大，使得员工当月实际领取的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除行为也是违法的。根据《工资支付暂行规定》，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
二、合法的情况
存在合法有效的规章制度：
- 制定程序合法：公司制定的涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤制度）应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 内容合理：规章制度中规定的迟到处罚标准（如迟到一次扣50元）应在合理范围内，与员工给企业造成的经济损失或影响程度相匹配，并考虑员工的工资水平。若员工月工资较高，扣除50元作为惩戒通常被认为是合理的。
- 公示与告知：公司应将规章制度进行公示或告知劳动者，常见的公示方式包括在公司公告栏张贴、通过内部办公系统发布、组织员工培训学习并签字确认等。
员工同意：
- 如果员工在签订劳动合同时已明确知晓并同意相关规章制度，包括迟到的处罚标准，那么公司按照规章制度执行扣款行为，通常不被视为违反劳动法。
三、劳动者权益保护
如果劳动者认为公司的迟到扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
建议：公司在制定相关规章制度时，应确保符合法律法规的要求，并充分保障劳动者的合法权益。同时，劳动者在遇到相关问题时应了解自己的权益，并采取适当的措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。