结论：公司加班超时但给加班费，是否违法需分情况讨论。若加班时长超出法定限制或未遵循法定程序，即便支付了加班费，仍然构成违法；若加班时长和程序均符合法律规定，则支付加班费是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法的超时加班情形
加班时长和程序均符合法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；特殊情况下，在保障劳动者身体健康的前提下，每日延长不得超过三小时，每月累计不得超过三十六小时。
- 若公司在此框架内安排加班，并依法支付了加班费，如工作日延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬，休息日工作且不能补休支付不低于工资的200%的工资报酬，法定休假日工作支付不低于工资的300%的工资报酬，则这种行为是合法的。
举例说明：
- 假设员工正常工作时间每小时工资为20元，公司因业务需要，经与员工协商后，安排其工作日加班2小时，并支付了至少60元（20元×150%×2小时）的加班费，此情况合法。
二、违法的超时加班情形
加班时长超过法定限制：
- 即便公司支付了加班费，若安排劳动者每月加班时间超过36小时，仍属违法行为。
- 举例：工厂长期安排员工每天加班4小时，导致月加班总时长远超36小时，即使按规定支付加班费，也违反了法律规定。
未遵循法定程序：
- 用人单位未经与工会和劳动者协商，擅自安排加班，即使事后支付加班费，也是违法的。
- 举例：公司未与员工协商，直接要求周末加班并支付加班费，侵犯了员工的休息权和协商权，属于违法行为。
三、特殊情况下的考量
特殊行业或岗位：
- 对于某些特殊行业或岗位（如医疗、交通、公共安全等），由于其工作性质的特殊性，可能需要实行不定时工作制或综合计算工时工作制。在这种情况下，超时加班的合法性需要根据相关法律法规和行业规定来判断。
劳动者同意：
- 虽然劳动者同意加班可以作为用人单位安排加班的一个条件，但并不能完全免除用人单位遵守法律规定的义务。例如，即使劳动者同意超时加班，用人单位仍然需要确保加班时间不超过法律规定的上限，并支付相应的加班费。
四、建议与总结
- 建议：各企业和雇主应严格遵守《劳动法》等相关法律法规，确保员工的合法权益得到充分保障。在制定加班政策时，应充分考虑员工的身心健康和工作生活平衡，避免过度加班。
- 总结：超时加班并支付加班费并非简单的“合法”或“违法”问题，而需根据具体情况判断。关键在于是否遵守了法律规定的加班时长限制和协商程序。
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