当员工在职期间患病或非因工负伤时，公司需要遵循一定的规定和流程来处理。以下是根据相关法律法规和常见实践，为您提供的详细解答：

一、医疗期的确定

根据原劳动部《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》(劳部发[1994]479号)，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，医疗期的长度是根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定的。具体规定如下：

1. 实际工作年限十年以下的：

   • 在本单位工作年限五年以下的，医疗期为三个月；
   • 在本单位工作年限五年以上的，医疗期为六个月。

2. 实际工作年限十年以上的：

   • 在本单位工作年限五年以下的，医疗期为六个月；
   • 在本单位工作年限五年以上十年以下的，医疗期为九个月；
   • 在本单位工作年限十年以上十五年以下的，医疗期为十二个月；
   • 在本单位工作年限十五年以上二十年以下的，医疗期为十八个月；
   • 在本单位工作年限二十年以上的，医疗期为二十四个月。

二、特殊疾病情况下的医疗期延长

对于特殊疾病，如癌症、精神病、瘫痪等，虽然上述规定没有直接提及可以延长医疗期，但实际操作中，如果员工病情严重且需要长期治疗，公司可以根据实际情况和医疗机构的建议，考虑适当延长医疗期。不过，这并非法定要求，而是公司出于人文关怀和员工福利的考虑。

三、公司应采取的措施

1. 及时沟通：一旦得知员工患病，公司应尽快与员工沟通，了解病情和治疗计划，以便合理安排工作。

2. 安排医疗期：根据员工的实际工作年限和在本单位的工作年限，确定医疗期的长度，并告知员工。

3. 支付医疗期工资：在医疗期内，公司应按照相关规定支付员工工资，通常不低于当地最低工资标准的80%。

4. 关注员工病情：在医疗期内，公司应定期与员工或其家属沟通，了解病情变化和治疗情况，提供必要的帮助和支持。

5. 考虑工作调整：如果员工病情稳定后无法从事原工作，公司应根据员工的实际情况和岗位需求，考虑调整工作岗位或提供其他合适的安排。

四、特殊情况下的处理

如果员工医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由公司另行安排的工作，公司可以根据《劳动合同法》的相关规定，与员工解除劳动合同，但需要提前三十日以书面形式通知员工本人，并按照相关规定支付经济补偿。

总之，当员工在职期间患病时，公司应积极履行社会责任，关注员工健康，合理安排医疗期和工作，确保员工的合法权益得到保障。同时，公司也应根据自身实际情况和法律法规要求，制定合理的员工健康管理制度和流程。