工程结算二次审计的合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定时合法
   若建设工程施工合同中明确约定了“二次审计”条款（例如约定以财政评审或第三方审计结果作为最终结算依据），且该条款不存在《民法典》第143条规定的无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通损害他人利益等），则二次审计具有合法性。此时，双方应按合同约定履行，审计结果对双方具有约束力。
   法律依据：《民法典》第465条（合同约束力）、第509条（全面履行义务）。

2. 合同无约定但双方协商一致时合法
   若合同未约定二次审计，但发包方与承包方在结算过程中通过补充协议、会议纪要等形式达成一致，同意委托第三方进行二次审计，则该行为属于双方对结算方式的变更，合法有效。
   实践建议：建议以书面形式固定协商内容，避免口头约定引发争议。

3. 合同无约定且未协商一致时可能违法
   若合同未约定二次审计，且承包方明确拒绝二次审计，发包方单方强制委托审计的，可能构成违法。此时，审计结果对承包方无约束力，发包方仍需按原结算文件支付工程款。
   风险点：发包方可能因“以审代拖”被认定为逾期付款，需承担违约金或利息（参考《建设工程司法解释一》第27条）。

特殊情形：行政审计的效力
若工程属于政府投资项目，合同约定“以行政审计结果为准”，但行政审计长期未出具结论的，法院可能根据《建设工程司法解释一》第30条，以承包方提交的结算文件作为付款依据，避免发包方滥用审计权损害承包方利益。

给你的建议：

• 若你是承包方：签订合同时明确结算条款，避免模糊表述；若发包方提出二次审计，要求签订补充协议并约定审计期限，逾期视为认可原结算。
  
• 若你是发包方：在合同中合理设置二次审计条款，明确审计范围、期限及争议解决方式，避免因条款瑕疵导致审计无效。
  

如有具体合同条款或审计争议，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。