结论：无合同约定的工程二次审计本身并不违法，但其合法性及具体实施方式需结合相关法律法规、行业惯例及双方实际履行情况综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、法律层面分析
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方享有自愿订立合同的权利，合同内容由双方协商确定。若合同中未明确约定二次审计条款，则双方均无强制要求对方接受二次审计的法定义务。
- 例外情况：若法律法规或行业规范对特定类型工程有强制审计要求（如政府投资项目），则即使合同未约定，相关方也可能需依法接受审计。
审计的合法性基础：
- 审计行为本身需基于合法依据，如法律法规授权、合同约定或双方协商一致。无合同约定时，若一方单方面要求二次审计，可能缺乏直接法律依据，但并非绝对违法。
- 关键点：审计目的、程序、范围等需合理，且不得损害对方合法权益。例如，审计不得用于非法目的，如恶意压低工程价款。
二、实践层面分析
行业惯例与交易习惯：
- 在建设工程领域，二次审计并非罕见现象，尤其在大型或复杂项目中。若行业惯例或双方过往交易习惯中存在二次审计做法，即使合同未明确约定，也可能被视为双方默认接受。
- 建议：为避免纠纷，双方可在合同中明确约定审计条款，包括审计次数、方式、费用承担等。
双方协商与实际履行：
- 若一方提出二次审计要求，另一方同意并配合实施，则视为双方通过协商达成一致，审计行为合法有效。
- 风险点：若一方拒绝二次审计，而另一方强行实施，可能引发纠纷。此时，需结合具体证据（如沟通记录、实际履行情况等）判断双方真实意图及责任承担。
三、法律后果与风险防范
法律后果：
- 若二次审计行为合法且合理，其结果可能作为工程价款结算的依据之一。
- 若审计行为违法或不合理（如审计程序违法、审计结果显失公平），则可能被法院或仲裁机构不予采信，甚至引发赔偿责任。
风险防范建议：
- 明确合同条款：在合同中详细约定审计条款，包括审计次数、方式、范围、费用承担及争议解决方式等。
- 保留证据：在审计过程中，双方应妥善保留相关证据（如审计报告、沟通记录、支付凭证等），以备不时之需。
- 及时沟通协商：若对审计结果有异议，应及时与对方沟通协商，寻求合理解决方案。必要时，可寻求法律途径维护自身权益。
总结：无合同约定的工程二次审计本身不违法，但其合法性及具体实施方式需结合相关法律法规、行业惯例及双方实际履行情况综合判断。为避免纠纷，建议双方在合同中明确约定审计条款，并在审计过程中保留相关证据、及时沟通协商。如有任何疑问或需要进一步法律帮助，请直接向我咨询。