项目竣工结算一审、二审、三审在合法程序下进行是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法性基础
一审合法性：
- 项目竣工结算一审是合同双方或一方委托具有相应资质的造价咨询机构或审计机构，对项目竣工结算进行初步审核的过程。
- 只要一审过程遵循了合同约定、相关法律法规及行业规范，且审核机构具备合法资质，那么一审就是合法的。
二审合法性：
- 二审通常是在一审结果存在争议或双方对一审结果不满意时进行的。
- 二审可以由另一家具有资质的机构进行，也可以由双方共同认可的专家或机构进行复审。
- 只要二审过程同样遵循了合同约定、相关法律法规及行业规范，且复审机构或专家具备合法资质，那么二审就是合法的。
三审合法性：
- 三审并非法律规定的必经程序，但在某些复杂或争议较大的项目中，双方可能会协商进行三审。
- 三审的合法性同样取决于其是否遵循了合同约定、相关法律法规及行业规范，以及复审机构或专家是否具备合法资质。
- 如果三审是在双方自愿、平等、公正的基础上进行的，且符合上述条件，那么三审就是合法的。
合法程序要点
- 合同约定：项目竣工结算的审核程序（包括一审、二审、三审）通常应在合同中明确约定。如果合同中有明确规定，那么双方应按照合同约定执行。
- 资质要求：进行竣工结算审核的机构或专家应具备相应的资质和经验。这是确保审核结果准确、公正的重要前提。
- 公正性：审核过程应保持公正、客观，避免利益冲突。审核机构或专家应独立于项目双方，确保审核结果的公正性。
- 法律法规：审核过程应遵守相关法律法规和行业规范。例如，应遵守《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规的规定。
可能的法律后果
- 如果一审、二审、三审过程存在违法违规行为（如审核机构不具备资质、审核过程不公正等），那么审核结果可能无效，双方可能需要重新进行结算审核。
- 如果因审核结果引发争议，双方可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。在解决争议过程中，法院或仲裁机构会对审核过程的合法性进行审查。
建议
- 在项目合同中明确约定竣工结算的审核程序，包括一审、二审、三审（如需）的具体流程、时间节点和责任主体。
- 选择具有合法资质和丰富经验的审核机构或专家进行竣工结算审核，确保审核结果的准确性和公正性。
- 在审核过程中保持沟通，及时解决审核过程中出现的问题和争议，避免问题扩大化。
如果您在项目竣工结算过程中遇到任何法律问题或争议，可以直接向我咨询。