结论：休年假不给全勤是否合法，需根据公司的具体规章制度及劳动合同内容来判断。若规章制度或劳动合同中明确规定且合法，则可能合法；若无相关规定或规定违法，则不合法。
详细分析
一、合法情形
规章制度与劳动合同的明确规定：
- 如果用人单位在依法制定的规章制度或与劳动者签订的劳动合同中明确规定，全勤奖的发放条件包括员工在一个考勤周期内无迟到、早退、旷工、请假（包括年休假）等情形，并且该规章制度的制定程序合法（即经过民主程序制定，并已向劳动者公示），同时内容不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位以员工休年假为由不发全勤奖，通常是合法的。
- 举例：某公司规章制度规定，全勤奖发放条件为员工当月无迟到、早退、旷工及任何形式的请假（包括病假、事假、年休假等）。若员工休了年假，则不符合全勤奖发放条件，公司有权不发全勤奖。
自主管理权的行使：
- 在这种情况下，公司按照既定规则不发放全勤奖是在行使其自主管理权。员工休年假即视为不符合“全勤”的条件，因此不影响公司按照规章制度执行。
二、不合法情形
无相关规定或规定不明确：
- 如果用人单位没有在规章制度或劳动合同中对全勤奖的发放条件作出明确规定，或者虽有规定但未明确将年休假纳入影响全勤奖发放的情形，那么员工依法休年假不应影响全勤奖的发放。
- 法律依据：根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这自然包括了全勤奖的部分，因为全勤奖是工资收入的一种形式。
- 举例：某公司规章制度未提及年休假与全勤奖的关系，员工休了年假后，公司以休年假为由不发全勤奖，这可能构成违法。
规定违法：
- 即使公司有相关规定，但如果该规定违反了法律法规的强制性规定，如排除了员工享受法定年休假的权利，或者变相降低了员工在年休假期间应得的待遇，这种规定也是无效的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。年休假作为劳动者的法定假期，自然包含在内。
- 举例：某公司规章制度规定，员工休年假期间不发全勤奖，且该规定未经过民主程序制定或未向劳动者公示，或者该规定与法律法规相冲突，那么该规定无效，公司应补发全勤奖。
三、劳动者的权益保护
如果劳动者认为用人单位不发全勤奖的行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施来维护自己的权益：
协商沟通：
- 首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求其说明理由并按照规定支付全勤奖。
投诉举报：
- 如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
劳动仲裁：
- 如果投诉举报未能解决问题，劳动者还可以申请劳动仲裁来进一步维护自己的权益。在劳动仲裁过程中，劳动者需要提供充分的证据来证明自己的主张，并依据相关法律法规进行申诉。
总结与建议
休年假不给全勤是否合法，关键在于公司的规章制度及劳动合同的具体内容。作为劳动者，在遇到此类问题时，应首先了解自己的权益和相关的法律法规，然后与公司进行协商沟通。如果协商无果，可以采取投诉举报或劳动仲裁等措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。