商铺内搭建二层是否合法，主要取决于是否获得了相关部门的合法审批手续，并且是否符合建筑安全、消防等各项规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、合法搭建的条件
规划审批：
- 业主需向当地规划部门提交搭建申请，包括详细的搭建方案、设计图纸等。规划部门将依据城市总体规划、区域详细规划及历史文化保护要求，对搭建方案进行审查。若搭建方案符合规划要求，且不会对周边环境和历史风貌造成不良影响，规划部门将依法予以批准。
建筑安全与结构鉴定：
- 在搭建前，必须由具备相应资质的建筑设计单位进行结构设计，并确保搭建后不会危及原有商铺的结构安全。施工过程应由专业施工单位进行，并遵循相关建筑规范和质量标准。搭建完成后，需通过建筑结构安全鉴定机构的鉴定，确认其安全性后方可投入使用。
消防审批与验收：
- 搭建二层需满足消防安全疏散、防火分隔等规定，确保在紧急情况下人员能够安全疏散。需向消防部门提交消防设计方案，并通过审查。搭建完成后，消防部门将进行验收，确保消防设施配备齐全且符合标准。
二、违法搭建的后果
违反规划法规：
- 未获得规划部门批准擅自搭建二层，将破坏城市规划秩序，影响城市形象和发展。相关部门将责令限期拆除违法建筑，并可处以罚款。
安全隐患：
- 擅自搭建可能导致商铺及周边建筑存在安全隐患，如承重不足、结构不稳定等。一旦发生安全事故，业主将承担法律责任，并可能面临巨额赔偿。
消防隐患：
- 不符合消防规定的搭建将严重影响人员疏散和消防救援工作。消防部门将责令整改并处以罚款，情节严重的还可能被责令停产停业整顿。
三、实际操作建议
咨询与申请：
- 在商铺内搭建二层前，业主应充分了解相关法律法规和审批流程，咨询当地规划和建设部门获取具体指导。按照要求准备并提交相关申请材料，确保搭建活动合法合规。
重视安全与消防：
- 业主应重视建筑安全和消防安全，选择具备相应资质的设计和施工单位进行搭建。在搭建过程中，严格遵守相关建筑规范和质量标准，确保搭建后的结构安全。同时，按照消防部门的要求进行消防设计和验收，确保消防设施配备齐全且符合标准。
避免法律风险：
- 业主应避免擅自搭建二层或未经批准改变房屋使用性质等行为，以免引发不必要的法律风险和安全隐患。若对相关法律法规和审批流程存在疑问或不确定之处，应及时向我咨询或寻求其他专业法律帮助。
总之，商铺内搭建二层是否合法取决于多个因素的综合考量。业主应充分了解相关法律法规和审批流程，咨询当地规划和建设部门获取具体指导，并重视建筑安全和消防安全等方面的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。