结论：劳动合同中基本工资低于最低工资标准是否合法，需分情况讨论。若劳动者实际到手工资（包括基本工资、提成、奖金、补贴等所有非加班工资部分）不低于当地最低工资标准，则不违法；若实际到手工资低于最低工资标准，则构成违法。

一、合法情况分析

1. 基本工资与实际工资的区别：

   • 基本工资：通常是劳动合同中约定的固定部分，可能低于最低工资标准，但它只是劳动报酬的一部分。
   • 实际工资：指劳动者在合同期间内实际获得的全部劳动报酬，包括基本工资、提成、奖金、补贴等非加班工资部分。根据法律规定，实际工资必须不低于当地最低工资标准。

2. 企业薪酬结构设计的合理性：

   • 企业可能出于灵活调整工资结构、降低用工成本和经营风险的考虑，将基本工资设为最低工资标准，并在工资构成中增加绩效工资、奖金等部分，根据员工表现和企业经营状况灵活调整。
   • 统一以最低工资标准作为基本工资，可简化薪酬体系制定、加班费计算和社保公积金缴纳等工作，便于薪酬管理。

3. 合法性依据：

   • 依据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这一规定针对的是劳动者实际到手的工资总额，而非仅基本工资。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条也明确，低于当地最低工资标准支付劳动者工资的，属于违法行为，但这里的“工资”指的是实际工资，而非基本工资。

二、违法情况分析

1. 实际工资低于最低工资标准的后果：

   • 若用人单位以基本工资为最低工资标准为由，通过不合理的绩效考核、随意克扣工资等手段，导致劳动者实际到手工资低于当地最低工资标准，则构成违法行为。
   • 劳动者将难以维持基本生活，社会保障待遇也会受到影响。同时，用人单位将面临劳动行政部门的处罚，包括限期支付差额部分和加付赔偿金，还可能引发法律诉讼，增加诉讼费用和律师费用等额外成本。

2. 试用期工资的特殊保护：

   • 即使在试用期，劳动者的工资也不得低于本单位相同岗位最低档工资或劳动合同约定工资的百分之八十，且这一数额同样不能低于当地的最低工资标准。这是对试用期劳动者工资的特殊保护，防止用人单位利用试用期降低劳动者工资待遇。

三、实际应用建议

1. 合同签订时的注意事项：

   • 在签订劳动合同时，双方应充分协商并明确各项薪酬条款的内容和意义，确保合同的公平性和合法性。劳动者应仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成的约定，确保自己的实际工资不低于最低工资标准。

2. 劳动者权益保护措施：

   • 劳动者应了解自己的权益和义务，关注实际到手工资是否满足当地最低工资标准。若发现用人单位存在违法行为，可首先尝试与用人单位沟通，要求按照不低于最低工资标准支付工资，并修改劳动合同中的相关条款。
   • 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门将责令用人单位限期改正，补足差额部分。如用人单位逾期不改，劳动者可通过申请劳动仲裁来进一步维权，要求支付工资差额及可能的赔偿金。对仲裁结果不满的，还可向人民法院提起诉讼。

3. 企业合规操作建议：

   • 企业应遵守相关法律法规，确保工资支付合法合规。在制定薪酬体系时，应充分考虑员工的实际需求和企业发展，制定合理的薪酬结构，确保劳动者的实际工资不低于当地最低工资标准。
   • 企业还应加强内部管理，避免出现不合理的绩效考核、随意克扣工资等违法行为，以维护和谐的劳动关系和企业的可持续发展。

综上所述，劳动合同中基本工资低于最低工资标准是否合法需综合考虑多种因素。在确保合法性的基础上，双方应充分协商并关注实际薪酬水平，以实现合同的公平性和企业的可持续发展。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。