关于发包方、承包方与施工方签订的三方抵顶协议的性质，我们可以从以下几个方面进行深入分析：

结论前置

三方抵顶协议，通俗地讲，就是一种以物抵债或代物清偿的协议。其效力及性质取决于协议的具体内容、签订时间以及法律法规的规定。

详细分析

1. 协议性质：

   • 以物抵债/代物清偿：三方抵顶协议本质上是一种债权人接受其他形式的给付以替代原定给付，从而使合同关系消灭的协议。这种协议可以视为一种特殊的债务清偿方式。

2. 协议效力：

   • 清偿期届满后的协议：如果协议是在债务清偿期限届满后达成的，那么只要双方当事人的意思表示真实，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，该协议即为有效。此时，它构成新债清偿，即旧债务在新债务履行之前不消灭，两者并存。新债务履行完毕后，旧债务才归于消灭。
   • 清偿期届满前的协议：如果协议是在债务清偿期限届满前达成的，由于《中华人民共和国物权法》规定了禁止流押，因此这种协议存在无效的风险。具体来说，如果协议中约定了债务人不履行到期债务时，抵押财产直接归债权人所有，那么这种约定是无效的。

3. 法律后果：

   • 如果新债务届期不履行，导致以物抵债协议目的不能实现，债权人有权请求债务人履行旧债务。这一请求权的行使，并不以以物抵债协议无效、被撤销或者被解除为前提。
   • 在实际施工人的代位权诉讼中，上述以物抵债协议的性质和效力同样适用。即实际施工人可以根据相关法律规定，以转包人或者违法分包人怠于向发包人行使到期债权为由，提起代位权诉讼。

法律依据

• 《中华人民共和国民法典》相关条款规定了合同的效力、抵押权的设立等。
• 《中华人民共和国物权法》第一百八十六条明确规定了禁止流押。
• 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(二)》第二十五条对实际施工人的代位权诉讼进行了规定。

综上所述，发包方、承包方与施工方签订的三方抵顶协议是一种特殊的债务清偿方式，其性质和效力取决于协议的具体内容、签订时间以及法律法规的规定。在签订此类协议时，建议各方咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。如果你有任何关于此类协议的具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。