关于发包人、总包和实际施工人三方协议的效力问题，需结合具体情形和相关法律法规进行综合判断，以下从不同角度进行分析：

1. 协议有效的情形

   • 主体资质合规：若发包人、总包均具备相应的工程建设资质，且实际施工人虽无直接资质但通过合法分包形式参与工程（如总包将非主体工程分包给有资质的实际施工人），且该分包行为已获发包人同意或符合法定分包条件，则三方协议可能被认定为有效。
   • 意思表示真实：三方在签订协议时，意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形，且协议内容明确、具体，符合《民法典》关于合同成立的要件。
   • 内容合法合规：协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，如不涉及违法分包、转包，不损害社会公共利益或他人合法权益，且符合工程建设的相关规范和标准。

2. 协议无效的情形

   • 实际施工人无资质或挂靠：若实际施工人未取得相应资质或借用有资质的总包名义签订协议（即“挂靠”行为），则根据《建筑法》及相关司法解释，该协议可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
   • 违法分包或转包：若总包将工程主体结构分包给实际施工人，或总包将工程转包给实际施工人，均属于违法分包或转包行为，根据法律规定，相关协议无效。
   • 未招标或中标无效：对于必须进行招标的项目，若未进行招标或中标过程存在违法行为导致中标无效，则基于此签订的三方协议也可能无效。

3. 协议部分有效、部分无效的情形

   • 在某些情况下，三方协议可能因部分条款违反法律、行政法规的强制性规定而被认定为部分无效，但其他部分仍可能有效。例如，协议中关于工程价款的约定可能因实际施工人无资质而无效，但关于工程质量的约定仍可能有效。

4. 协议无效后的处理

   • 若三方协议被认定为无效，但建设工程经验收合格的，可以参照协议关于工程价款的约定折价补偿实际施工人。
   • 若建设工程经验收不合格，则根据修复情况处理：修复后验收合格的，发包人可以请求实际施工人承担修复费用；修复后仍不合格的，实际施工人无权请求参照协议折价补偿，且发包人对因工程不合格造成的损失有过错的，应承担相应责任。

法律建议：

• 在签订三方协议前，务必审查各方的资质和履约能力，确保协议内容合法合规。
• 若涉及分包或转包，应严格按照法律规定进行，并确保获得发包人的同意或符合法定分包条件。
• 对于必须进行招标的项目，应依法进行招标，并确保中标过程合法合规。
• 在协议履行过程中，应保留好相关证据，以备不时之需。

后续行动：

• 若您已签订或拟签订此类三方协议，且对协议效力存在疑虑，建议将协议内容及相关背景信息提供给我，以便我进行更具体的法律分析和建议。
• 若协议已引发纠纷，建议及时咨询我，以便制定合适的维权策略。