在合同中约定两个管辖法院，其效力需根据具体情况判断，但一般来说，如果这两个法院均与争议有实际联系，且不违反级别管辖和专属管辖的规定，同时管辖协议明确、具体，那么这样的约定是有效的。以下是对此问题的详细分析：
有效情形
与争议有实际联系：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。因此，如果约定的两个法院均与争议有实际联系，如合同签订地和合同履行地，那么这样的约定是有效的。
- 实例说明：在一份跨地区的买卖合同中，双方约定合同签订地和合同履行地的法院均有管辖权。当发生纠纷时，原告可以选择其中一个法院进行起诉，该约定是有效的。
明确、具体且不违反级别管辖和专属管辖：
- 管辖协议必须明确、具体，且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。如果约定的两个法院明确，且没有违反这些规定，那么该约定是有效的。
- 实例说明：双方在合同中明确约定：“因本合同产生的争议，由合同签订地的XX市XX区人民法院或合同履行地的XX市XX区人民法院管辖。”这样的约定既明确又具体，且没有违反级别管辖和专属管辖的规定，因此是有效的。
无效情形
违反专属管辖：
- 如果约定的法院中包括违反专属管辖规定的法院，如不动产纠纷应由不动产所在地法院专属管辖，而约定了其他无关联的法院，则该部分约定无效。
- 实例说明：在一份涉及不动产的买卖合同中，双方约定由各自所在地法院管辖。由于不动产纠纷应由不动产所在地法院专属管辖，因此这样的约定是无效的。
约定不明确或无法确定：
- 如果约定的两个法院不明确，导致无法确定具体的管辖法院，该约定可能被认定为无效。例如，仅约定“由双方所在地法院管辖”而未明确具体地点，这种模糊的约定可能无效。
- 实例说明：双方在合同中约定：“因本合同产生的争议，由双方所在地法院管辖。”由于“双方所在地”表述模糊，无法确定具体的管辖法院，因此这样的约定是无效的。
违反级别管辖：
- 如果约定的管辖法院违反了级别管辖的规定，如重大涉外案件或在本辖区有重大影响的案件应由中级人民法院管辖，而约定了基层法院管辖，则该约定无效。
注意事项与实践指导
- 明确性：在约定管辖法院时，应确保协议明确、具体，避免使用模糊或不确定的表述。
- 实际联系：约定的法院必须与争议有实际联系，如合同签订地、履行地等。
- 形式要求：管辖协议必须为要式行为，即必须符合法律规定的形式（书面形式）才属有效约定。
- 不违反级别管辖和专属管辖：这是管辖协议有效性的前提，任何违反这些规定的约定都将被视为无效。
处理方式
- 当出现约定两个管辖法院且引发争议时，法院会首先审查该约定是否符合法律规定。如果符合法律规定且原告已明确选择其中一个法院起诉，则该法院可依法受理并审理案件。
- 如果约定无效（如违反专属管辖、约定不明确等），则会根据法律关于管辖的一般规定来确定管辖法院，通常会依据被告住所地、合同履行地等法定因素来确定。
综上所述，当事人在合同中约定两个管辖法院时，应确保约定符合相关法律规定，以确保管辖协议的有效性和可操作性。在实际应用中，这有助于减少管辖争议，提高诉讼效率。如果您在具体操作中遇到任何问题，可以直接向我咨询。