商业用房改成公寓出租是否合法，主要取决于改造行为是否符合相关法律法规、城市规划要求、房屋结构安全标准以及是否获得相关利益方的同意。只有在满足所有条件的情况下，这种改造才是合法的。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律法规与城市规划要求
规划变更：
- 商业用房和公寓在规划设计阶段的使用性质就已确定，两者用途不同。若要将商业用房改为公寓，必须向规划部门提出变更申请，并经过审核批准。
- 变更需符合城市规划要求，如区域整体功能布局允许、周边配套设施能够满足变更后的需求等。只有依法办理了规划变更手续，改造才是合法的。
土地使用规定：
- 改造后的公寓用途必须与当地的土地使用规划相符。如果土地使用性质不允许用于居住，那么这种改造是不合法的。
- 在进行改造前，需要核实土地使用证上的用途限制，确保改造行为不违反土地使用规定。
二、房屋结构安全
结构改造审批：
- 将商业用房改成公寓可能需要对房屋结构进行改造，如拆除或移动部分墙体。这类改造必须经过原设计单位或者具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，并进行结构安全评估。
- 未经批准擅自变动建筑主体和承重结构是违法的，会影响建筑物的整体安全性能。因此，在进行结构改造前，必须获得相关部门的批准。
施工许可：
- 在改造过程中，还需要按照相关规定办理施工许可等手续，并确保在施工过程中严格按照设计方案进行操作。
- 施工许可的办理是确保改造行为合法合规的重要环节，不可忽视。
三、物业管理与其他业主权益
物业管理规约：
- 小区的物业管理规约通常会对房屋的使用和改造进行规范。改造行为必须遵守物业管理规约，不得影响小区的环境卫生、安全管理难度和整体风貌。
- 在进行改造前，应与物业管理公司进行沟通，取得其同意，并按照物业管理的要求办理相关手续。
其他业主意见：
- 商业用房改成公寓可能会对其他业主的权益产生影响，如增加居住密度、导致停车位紧张、电梯使用频繁等问题，或改变原有的商业氛围。
- 因此，在进行改造前，应充分征求有利害关系业主的意见，并获得他们的同意或采取相应的补偿措施。这有助于保障其他业主的合法权益，避免潜在的纠纷。
四、租赁合同与法律责任
- 如果改造行为合法且获得了所有必要的批准和同意，那么将改造后的公寓出租是合法的。但需要注意的是，租赁合同中应明确约定房屋的使用性质、改造情况等相关条款，以避免未来可能出现的纠纷。
- 如果改造行为不合法或未获得相关批准和同意，那么将改造后的房屋出租可能面临法律责任。例如，可能因违反规划、土地使用等规定而受到行政处罚，或因侵害其他业主权益而承担民事赔偿责任。
总结与建议：
商业用房改成公寓出租的合法性取决于多个因素的综合考量。在进行改造前，建议详细了解并遵守相关法律法规、城市规划要求、房屋结构安全标准以及物业管理规约等规定。同时，应充分征求有利害关系业主的意见，并获得他们的同意或采取相应的补偿措施。只有这样，才能确保改造行为的合法性和合规性，避免不必要的法律风险和经济损失。如果您在改造或出租过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。