当中标后发现项目经理有在建项目时，这确实是一个需要谨慎处理的问题，因为它可能涉及到违反招标文件规定及法律法规，进而引发一系列严重后果。以下是我为您提供的详细处理建议：
一、法律法规及招标规则层面的考量
明确规定与后果：
- 招标文件中通常会明确规定，拟派项目经理在投标时不得有在建项目，这是为了确保项目经理能够全身心投入到新项目中。
- 如果违反这一规定，根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，投标人可能会面临中标无效、罚款、甚至限制参与招投标活动等行政处罚。
合同条款的审查：
- 中标合同中关于项目经理的任职资格、职责以及违约责任等条款是至关重要的，它们为双方的权利义务提供了法律依据。因此，在处理此类问题时，必须仔细审查这些条款。
二、招标人的处理措施
调查核实与沟通：
- 招标人应首先详细调查项目经理在建项目的真实性，以及这些项目对当前中标项目可能产生的影响。这可以通过向相关项目业主、建设管理部门核实来实现。
- 同时，与中标人进行沟通，要求其就项目经理在建项目的情况作出书面解释，并提供合理的说明。
决策后续行动：
- 如果在建项目对当前中标项目的实施构成重大不利影响，招标人可以依据招标文件及法律法规取消中标资格，没收投标保证金，并依次确定下一名中标候选人或重新组织招标。
- 如果中标人能够证明在建项目对当前项目无实质性影响，并且获得了招标人的认可，那么可能允许其继续履行合同，但需要采取一些保障措施，如增加项目管理团队的关键人员。
三、对项目实施的影响及风险评估
进度与质量风险：
- 项目经理同时负责多个项目可能会导致精力分散，从而增加项目进度拖延和质量事故的风险。
法律责任：
- 如果因项目经理在建项目导致无法按时履行合同或造成质量问题，中标人可能需要承担违约责任及相应的法律后果。
四、应对策略与建议
立即核实与评估：
- 中标后应立即核实项目经理是否存在在建项目，并评估这些项目对当前中标项目的影响。
积极沟通与协商：
- 与招标方保持密切沟通，共同探讨解决方案。这可能包括更换项目经理、调整项目计划或采取其他保障措施。
审查合同条款与法律咨询：
- 仔细审查合同条款，明确双方的权利义务。在必要时，咨询专业法律顾问或律师，以获取具体、专业的建议和指导。
制定应急预案：
- 提前评估可能面临的法律风险，并制定相应的应急预案和应对策略。这有助于在问题发生时迅速作出反应，减少损失。
综上所述，中标后发现项目经理有在建项目是一个复杂且敏感的问题。为了维护自身合法权益和项目的顺利实施，各方应保持冷静和理性，严格按照法律法规和招标文件规定处理。希望这些建议能对您有所帮助。