当中标后发现项目经理有在建项目时，这确实是一个需要谨慎处理的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、法律法规与招标规则背景
规定概述：
- 多数招标项目的招标文件中会明确规定，拟派项目经理在投标时不得有在建项目，这是为了确保项目经理能够全身心投入到新项目中，保证项目的顺利进行。
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，以及《注册建造师执业管理办法》，注册建造师不得同时担任两个以上建设项目的负责人，违反此规定可能会面临严重的法律后果。
潜在后果：
- 如果违反规定，投标人可能面临中标无效、罚款、限制参与招投标活动等行政处罚。
- 同时，如果因项目经理同时在建多个项目导致无法按时履行合同或造成质量问题，中标人还需承担违约责任及相应的法律后果。
二、招标人的处理措施
调查核实：
- 招标人应首先通过向相关项目业主、建设管理部门核实，详细调查项目经理在建项目的真实性及其对本项目的影响。
- 可以使用专业的招投标查询工具，如标事通，来快速精准查询项目经理有无在建项目信息。
沟通与决策：
- 与中标人进行沟通，要求其就项目经理在建项目情况作出书面解释，并提供合理说明。
- 根据调查结果和招标文件规定，招标人可以作出取消中标资格、没收投标保证金、依次确定下一名中标候选人或重新组织招标等决策。
风险评估与应对：
- 招标人应评估项目经理在建项目对本项目实施可能构成的进度与质量风险。
- 如果决定继续履行合同，应要求中标人采取保障措施，如增加项目管理团队关键人员，以确保项目的顺利进行。
三、对中标人的建议
立即核实：
- 中标后应立即核实项目经理是否存在在建项目，并评估其对本项目的影响，以避免潜在的法律风险。
积极沟通：
- 与招标方保持密切沟通，共同探讨解决方案，如更换项目经理、调整项目计划等，以维护双方的合法权益。
审查合同条款：
- 仔细审查合同条款，明确双方权利义务，特别是关于项目经理的任职资格、职责及违约责任等条款。
法律咨询：
- 必要时咨询专业法律顾问或律师，获取具体、专业的建议和指导，以确保处理方式的合法性和合规性。
综上所述，中标后发现项目经理有在建项目是一个需要综合考虑多种因素并严格按照法律法规和招标文件规定处理的问题。各方应保持冷静和理性，通过有效的沟通和协商，共同寻找最合适的解决方案，以维护项目的顺利实施和自身的合法权益。